3双序列比对.pptVIP

对一般用户来说，目前常用的办法是通过NCBI、EBI等国际著名生物信息中心的BLAST服务器进行搜索。需要说明的是，各生物信息中心BLAST用户界面有所不同，所提供的数据库也可能不完全相同，使用前最好先进行适当的选择。 BLAST 应用实例BLAST：改变打分矩阵的作用 脂质运载蛋白 human lipocalin 序列 sp|P31025|LCN1_HUMAN Lipocalin-1 OS=Homo sapiens GN=LCN1 PE=1 SV=1 MKPLLLAVSLGLIAALQAHHLLASDEEIQDVSGTWYLKAMTVDREFPEMNLESVTPMTLT TLEGGNLEAKVTMLISGRCQEVKAVLEKTDEPGKYTADGGKHVAYIIRSHVKDHYIFYCE GELHGKPVRGVKLVGRDPKNNLEALEDFEKAAGARGLSTESILIPRQSETCSPGSD 使用Blosum62矩阵搜索 使用PAM30矩阵搜索 思考题 1、蛋白质比对替换积分矩阵BLOSUM和PAM中序号有什么规律？ 2、BLAST搜索中-e的含义是什么？ 3、遗传密码矩阵(GCM)的设计原理是什么？ 4、登录NCBI主页，分别使用Non-redundant protein sequences(nr)数据库和Protein Data Bank proteins(pdb)数据库，其他条件均使用BLAST默许条件，搜索如下蛋白质序列： PGKYTADGGKHVAYIIRSHVKDHYIEYCEGELHGKPVRGVKLVGRDPKNNLEALEDFEKAAGARGLSTESILIPRQSE 分析获得的序列，哪一个数据库搜索获得的匹配序列多？结果如何解读？为什么？ 5、本地Blast(序列见附件)（某一段序列是否会转录出miRNA） * 本地blast，下载blast之前，先看系统版本。Win使用运行-cmd-systeminfo：系统类型x86表示32位 全局比对 (2) Gap V D S C Y Gap 0 -11 -22 -33 -44 -55 V -11 Sij E -22 S -33 L -44 C -55 Y -66 要求解Sij的分数，我们必须先知道Si-1, j-1, Si-1, j, 以及Si, j-1的分数，这种方法叫做递归算法；采用这种方法，可以把大的问题分割成小的问题逐一解决，即动态规划算法；需要存储如何得到Sij分数的过程。 全局比对 (3) i j Gap V D S C Y Gap 0 -11 -22 -33 -44 -55 V -11 Sij E -22 S -33 L -44 C -55 Y -66 Needleman-Wunsch算法； 时间复杂度O(n2)； Sij = max of Si-1, j-1 + σ(xi, yj) Si-1, j - d (从上到下) Si, j-1 - d (从左到右) 全局比对 (4) i j Gap V D S C Y Gap 0 -11 -22 -33 -44 -55 V -11 Sij E -22 S -33 L -44 C -55 Y -66 4 -11 -11 Needleman-Wunsch算法； 时间复杂度O(n2)； Sij = max of Si-1, j-1 + σ(xi, yj) Si-1, j - d (从上到下) Si, j-1 - d (从左到右) 全局比对 (5) Gap V D S C Y Gap 0 -11 -22 -33 -44 -55 V -11 4 E -22 S -33 L -44 C -55 Y -66 4 -11 -11 全局比对 (6) Gap V D S C Y Gap 0 -11 -22 -33 -44 -55 V -11 4 Sij E -22 S -33 L -44 C -55 Y -66 -3 -11 -11 Needleman-Wunsch算法； 时间复杂度O(n2)； Sij = max of Si-1, j-1 + σ(xi, yj) Si-1, j - d (从上到下) Si, j-1 - d (从左到右) 全局比对 (7) Gap V D S C Y Gap 0 -11 -22 -33 -44 -55 V -11 4 -7 E -22 S -3