基于转录组测序数据识别黑猩猩RNA编辑位点方案.PDFVIP

生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biop hys ics 2012, 39(3): 282~293 于转录组测序数据识别黑猩猩RNA 编辑位点* 1, 2) 2) 2)** 2) 1)** 王端青 何 涛 汪 莉 玉民 邵卫东 1) 2) ( 苏州大学电子信息学院，苏州215006 ； 军事医学科学院生物工程研究所，北京100071) 摘要 使用转录组测序(RNA-Seq)数据识别黑猩猩RNA 编辑位点，探索了RNA 编辑的识别机制以及潜在的功能影响 基于 黑猩猩RNA-Seq 数据与基因组序列的比对信息发现RNA-DNA 错配位点，并构建编辑位点候选集 从中滤除基因组或转录 组测序质量低的位点，其他的过滤条件包括3 端测不准、覆盖度、SNP 位点以及估算的编辑水平 构建二项分布统计模型和 Bonferroni 多重检验滤除候选集中的随机错误，得到RNA 编辑位点 选取落在已知基因上的编辑位点进行功能分析，并用 Two Sample Logo 软件分析编辑位点上下游序列的特征 识别出黑猩猩 12 种碱基替换型RNA 编辑位点8 334 个，其中有41 个编辑位点改变原有的氨基酸，另有3 个编辑位点落在microRNA(miRNA)潜在靶基因的种子结合区 统计学分析表明，分 别有640 和872 个RNA 编辑位点存在组织和性别差异 上下游碱基频率分析表明，多种类型的编辑位点紧邻碱基具有显著 偏好 结果显示，RNA 编辑在黑猩猩体内大量存在，且潜在具有重要的生物学功能，为进一步深入研究灵长类RNA 编辑 的机制奠定了基础 关键词 黑猩猩，RNA 编辑，转录组测序，计算识别 学科分类号 Q344+.14，Q752 DOI: 10.3724/SP.J.1206.2011.00328 [13] RNA 编辑是一种重要的转录后修饰事件，通 RNA 编辑位点 2003 年，Hoopengardner 等 采用 过核苷酸的替换、插入或删除而改变初始转录本， 比较基因组学方法，识别并验证了果蝇 16 个编辑 产生与DNA 模板之间存在差异的RNA 序列[1] 位点和人的1 个编辑位点 2004 年，多篇报道[14-17] RNA 编辑可发生于细胞核、线粒体、叶绿体和质 在人EST/cDNA 序列与基因组比对的基础上，计 粒中[2] ，在植物、动物、真菌、原生生物、细菌和 算预测了人类转录组中存在大量的A-to-I RNA 编 病毒体内都有RNA 编辑现象被报道[3] A-to-I 和 辑位点，且这些位点绝大多数落在Alu 序列上 基 C-to-U RNA 编辑是最常见的两种编辑类型，它们 于EST/cDNA 序列与基因组比对识别编辑位点的 [4] 都是由碱基脱氨所致 C-to-U RNA 编辑主要发生 计算策略的提出，标志着大规模识别编辑位点的开 [5] 在高等植物线粒体和叶绿体中 ，而A-to-I RNA 编 始和广泛存在的RNA 编辑事件日益被科学研究者 辑广泛存在于脊椎动物体内[6-8] RNA 编辑能改变 重视 但是EST 序列来源庞杂且存在很大偏性(组 氨基酸序列、改变翻译起始或终止密码子、破坏或 织之间、疾病与正常状态和不同转录区域) ，测序 新建剪接信号、影响miRNA 前体的加工及成熟体 成本较高，一定程度上限制了新RNA 编辑位点识 [2, 9] 的靶向功能 ，异常的RNA 编辑