蛋白质分子电子结构的第一性原理从头计算-物理学进展.PDFVIP

2 C) 第 20卷 第 3期 物 理 学 进 展 V01．20．No．3 2000年 9月 PRoGRESSIN PHYSICS sept．．2000 文章捆号 ：1000-0542{20~ 103-0291。10 蛋 白质分子电子结构的第一性原理从头计算 郏浩平 o 6／1。 (同侪大学玻耳固体物理研究所 ．上海 200092) 摘 要 ： 蛋白质分子电子结构的计算对生命科学和计算机药物设计有重要的科学意义和 术，使计算量大大减少。最近 ，应用该方法 ，对一个真实蛋 白质分子(南瓜种子中的胰蛋 白酶 可能。本文舟绍了上述计算的基本理论 、方j击和结果。 关犍词 ： 蛋白质分子；电子结构；圃簇埋人自涪计算法 ， ， 中图分类萼■ 文献标识码：A 笏一 ／理 言 坎荔． 随着人类基因组图谱工程接近尾声，一项更加浩大的工程即将开始，即揭示所有基因 中的编码所代表的信息 。这意味着生命科学的发展已开始进入对生命现象本质的研究。 一 系列基本的带挑战性的问题正等待我们去回答 ：具有一定空间结构的蛋 白质分子为什 么有某种特定生物功能?氨基酸排列顺序相同的蛋白质分子在不同的折叠状态为什么有 不同的话性?各种生物功能的物理本质是什么?药物分子是怎样和生物体内的生命物质 相互作用从而产生医疗效果 的?众所周知，要对一个晶津、表面或杂质的性质作 出解释， 必须知道其电子结构 (electronicstructure)。同样 ，要回答上述问题，也要知道蛋白质分子 (或其它生物大分子)的电子结构。它告诉我们蛋 白质分子各部位的电子密度分布和能级 分布 ，由此可 以推断出可能发生的电子传递和能量传递。这是研究蛋 白质分子在功能状 态下如何发生物理化学变化的基础，对我们最终揭开生命的奥秘是不可缺少的。同时，它 也将使原子水平上 的计算机药物设计成为可能。因此 ，蛋白质分子 电子结构的计算具有 重要的科学意义和应用价值 。 但是，蛋 白质分子电子结构的计算也是一个 巨大的挑战。在凝聚态物理中，基于密度 泛函理论的传统的电子结构计算方法有两种：(1)能带计算法，用于周期性系统；(2)自由 收稿 日期 ：．2000-07-15 基金项 目：国家 自然科 学基金 资助项 目 物 理 学 进 展 2o卷 圃簇计算法 ，用于有限孤立系统 ，但其计算量与系统总电子数的三次方成正 比。通常，一 个蛋白质分子所含的原子数在 l03～1o5之问(电子数更多)，并且其分布是非周期性 的。 因此若采用 自由圃簇计算法，即使在超级计算机上也无法算出一个相对较小的蛋 白质分 子。为此 ，美国 IBM 公司最近宣称：计划用 5年 的时间研制一种名为 “蓝基 因”的高速计 算机，其运算能力将是美国现有 4O台最快的超级计算机运算能力总和的4O倍。但有关 专家认为，即使有如此强大的功能，“蓝基因”仍需运行整整一年才能得出有关一种蛋白质 的各种数据 。 因此，发展一种计算量与系统总原子数戚线性关系的计算法就有着重要的实际意义。 最近几年，国外有好几个课题组相继提出了一些这样 的所谓 o(N)计算法[1-1ol(N代表 系统总原子数)。但只有W ．gang的方法被实际运用于含许多碳原子的具有点对称性的 大 团簇 ，且只能给出总能量 ￡11A2]。目前 ，蛋 白质数据银行 (PDB)已储存 了多达 9000多个 蛋 白质分子 的实验测定的三维空同结构数据 ，并且每天还有新的蛋 白质分子数据被添加 进去。但就我所知 ．在此之前 ，还没有人算出过一个真实蛋白质分子的有意义的电子结 构 。 “团簇埋人 自治计算法”是作者发展起来的基于密度泛函理