苦瓜蛋白分子三维结构模建研究 - 第三军医大学学报.doc

β-苦瓜蛋白分子结构模建研究 周小东，沈富兵，郑崛村 （成都医学院检验医学院，成都，610083） 摘要 目的：利用生物信息学的方法研究β-苦瓜蛋白一二三级结构，预测蛋白相关特性，为临床应用提供相应科学依据和理论基础。方法：使用DNAMAN软件分析β-苦瓜蛋白氨基酸组成、亲水疏水性，用生物信息学在线网站预测基本特性、二三级结构、卷曲螺旋区域、PEST序列Ramachandran图对模建结果进行了结构质量分析与检测评价。结果：β-苦瓜蛋白有249个氨基酸，等电点9.19，亲水区域和疏水区域交错分布；消光系数 280nm，属于稳定蛋白，平均亲水性是-0.138；二级结构中(-螺旋占42.57%，β-折叠片占20.48%，不规则卷曲占36.95%；分布着三段卷PEST序列卷Ramachandran图检测表明此模型的结构符合立体化学规则。 关键词：β-苦瓜蛋白；模建；生物信息学 The study of β-momorcharin molecular modeling Abstract: Objiective: to conduct a bioinformatics-based study of the primary secondary tertiary structure of β-momorcharin, predict its correlational characteristics, and provide scientific and theoretical basis for its clinical application. Methods: to use DNAMAN to analyze β-momorcharins amino acid composition, hydrophilicity and hydrophobicity, use bioinformatics Online website to predict its basic character、coils、PEST sequence, use bioinformatics software to analyze its eectrostatic potential and accessibility, and construct a Ramachandran plot to give model structure quality analysis and inspective evaluation. Results: amino acid 249, isoelectric point 9.19, hydrophilicity-hydrophobicity interspersed; extinction coefficient 280nm, stable protein，average hydrophilicity-0.138; in the secondary structure，Alpha helix 42.57%，Extended strand 20.48%，Random coil 36.95%; 3 coiled coils，5 PEST sequences，no stable dimer or trimer;Modeling its tertiary structure, electrostatic potential，and the spatial distribution of accessibility; the Ramachandran inspection shows that the modeling structure accords with the principles of stereochemistry. Keywords：β-momorcharin；modeling；bioinformatics β-苦瓜蛋白广泛存在于苦瓜等植物界中，它属于核糖体失活蛋白，能通过修饰核糖体大亚基rRNA从而破坏其功能，可抑制蛋白质的生物合成。近来研究表明β-苦瓜蛋白具有较强抗癌性和一定的免疫抑制功能、抗生育作用、抗病毒作用。本研究用生物信息学方法对β-苦瓜蛋白进行研究，从分子水平分析其三级结构和蛋白质特性，为临床应用提供相应科学依据和理论基础。 1 材料与方法 1．1 材料 数据资料来自美国国立信息技术中心NCBI，检索下载β-苦瓜蛋白序列，登陆号1CF5B。 1．2 β-苦瓜蛋白一级结构分析 使用DNAMAN软件分析蛋白的组成特性，包括相对质量、亲/疏水性，氨基酸组成。使用在线网站ExPASy提供的Proteomics程序预测基本特性，包括消光系数、不稳定指数、脂肪指数和半衰期等[1]。 1．3 β-苦瓜蛋白二级结构分