基于模板匹配与塔式分解的蛋白质结构域分类-计算机应用研究.PDF

第２９卷第６期 计 算 机 应 用 研 究 Ｖｏｌ２９Ｎｏ６ ２０１２年６月　 ＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎＲｅｓｅａｒｃｈｏｆＣｏｍｐｕｔｅｒｓ Ｊｕｎ２０１２ 基于模板匹配与塔式分解的蛋白质结构域分类 ａ ｂ 施建宇 ，张艳宁 （西北工业大学ａ．生命学院；ｂ．计算机学院，西安７１００７２） 摘　要：首先构造结构域的距离矩阵灰度图像；其次建立典型二级结构的距离函数，并分析所呈现的灰度模式； 然后基于模板匹配和塔式分解，提出了结构域特征；最后在结构类和折叠子两个层次实施结构域分类。本方法 在第一种验证策略的分类精度分别为９０７％和７４６％，使用第二种验证策略的为９３８％和７８７％。相比其他 方法，具有更高分类精度和更低的特征维数，说明本方法更有效。 关键词：结构域；距离矩阵；模板匹配；塔式分解；图像处理；分类 中图分类号：ＴＰ３９１　　　文献标志码：Ａ　　　文章编号：１００１３６９５（２０１２）０６２０８１０４ ｄｏｉ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００１３６９５．２０１２．０６．０２０ Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆｐｒｏｔｅｉｎｄｏｍａｉｎｂａｓｅｄｏｎｔｅｍｐｌａｔｅ ｍａｔｃｈａｎｄｐｙｒａｍｉｄｄｅｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ ａ ｂ ＳＨＩＪｉａｎｙｕ，ＺＨＡＮＧＹａｎｎｉｎｇ （ａ．ＳｃｈｏｏｌｏｆＬｉｆｅＳｃｉｅｎｃｅｓ，ｂ．ＳｃｈｏｏｌｏｆＣｏｍｐｕｔｅｒＳｃｉｅｎｃｅ＆Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ＮｏｒｔｈｗｅｓｔｅｒｎＰｏｌｙｔｅｃｈｎｉｃａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｘｉ’ａｎ７１００７２，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｔｈｅｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｄｏｍａｉｎｉｓｏｎｅｏｆｉｍｐｏｒｔａｎｔａｐｐｒｏａｃｈｅｓｗｈｉｃｈｃｏｎｔｒｉｂｕｔｅｔｏｅｘｐｌｏｒｅｔｈｅｍｅｃｈａｎｉｓｍｏｆ ｆｏｌｄｉｎｇａｎｄｔｈｅｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｏｆｐｒｏｔｅｉｎｓｔｒｕｃｔｕｒｅａｎｄｉｔｓｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｆｕｎｃｔｉｏｎ．Ｆｉｒｓｔ，ｔｈｉｓｐａｐｅｒｍａｐｐｅｄｓｐａｔｉａｌｓｔｒｕｃｔｕｒｅｏｆｐｒｏｔｅｉｎ ｄｏｍａｉｎｉｎｔｏＣＣｄｉｓｔａｎｃｅｍａｔｒｉｘｗｈｉｃｈｃｏｕｌｄｂｅｆｕｒｔｈｅｒｒｅｇａｒｄｅｄａｓｇｒａｙｔｅｘｔｕｒｅｉｍａｇｅ．Ｎｅｘｔ，ｉｔｍｏｄｅｌｅｄｔｗｏｄｉｓｔａｎｃｅｆｕｎｃ α α ｔｉｏｎｓｆｏｒ ｈｅｌｉｘａｎｄ ｓｔｒａｎｄ／ｓｈｅｅｔｂｙｃｏｎｓｉｄｅｒｉｎｇｔｈｅｉｒｇｅｏｍｅｔｒｉｃａｌｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，ａｎｄｕｓｅｄｔｏｆｉｎｄｔｈｅｉｒｇｒａｙｐａｔｔｅｒｎｓｉｎｄｉｓｔａｎｃｅ α β ｍａｔｒｉｘｉｍａｇｅｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ．Ａｆｔｅｒｔｈａｔ，ｉｔａｐｐｌｉｅｄｔｈｅｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓｏｆｓｐａｔｉａｌｔｅｍｐｌａｔｅｍａｔｃｈａｎｄｐｙｒａｍｉｄｄｅｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｔｏｐｒｅｓｅｎｔ ｔｈｅｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｆｅａｔｕｒｅｏｆ ｈｅｌｉｘａｎｄ ｓｔｒａｎｄａｎｄｔｈｅｍｕｌｔｉｓｃａｌｅｔｏｐｏｌｏｇｙｆｅａｔｕｒｅｏｆ ｓｈｅｅｔｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ．Ｆｕｒｔｈｅｒｍｏｒｅ，ｉｎ α β β ｔｅｒｍｓｏｆｔｈｅｈｉｅｒａｒｃｈｙｏｆｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆｐｒｏｔｅｉｎｓ（ＳＣＯＰ），ｐｅｒｆｏｒｍｅｄ