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文章解读多位点取样测序揭示多发性骨髓瘤基因组空间异质性

在多发性骨髓瘤中，恶性浆细胞在骨髓内扩张。由于骨髓是充分灌注的，可以预期到恶性浆细胞的更优克隆的快速传播。然而，在医学成像却中经常观察到多发性骨髓瘤的不均衡分布。在本研究中，研究者对包括51例患者的髂骨活检和基于放射学引导取样的病灶标本进行多区域测序，以了解空间克隆的结构。超过75％的患者存在空间基因组异质性，其中包括CDKN2C和TP53的失活以及影响促分裂原活化蛋白激酶基因的突变。研究表明，空间异质性的程度与活检局部病灶的大小正相关，与晚期克隆的区域性生长一致。研究结果支持了多发性骨髓瘤在早期阶段进行克隆更替、晚期阶段进行区域进化的疾病进展模型。本研究提示多区域测序研究对于了解患者的异质性和多发性骨髓瘤的进展过程至关重要。

文章题目：Spatialgenomicheterogeneityinmultiplemyelomarevealedbymulti-regionsequencing

研究人员：来自阿肯色大学医学科学骨髓瘤研究所的研究人员

发表时间：2017.08

期刊名称：Nature??Communications

影响因子：12.124

研究背景

多发性骨髓瘤（MM）是抗体分泌B细胞浆细胞（PC）的恶性进化物。MM不是一种单一的疾病，而是由一些以特定染色体变异为特征的分子亚型构成。与肿瘤进化相关的获得性基因组变异事件进一步导致患者间和患者自身内的克隆异质性，进而导致不同的临床结果。多发性骨髓瘤是一个特别有趣的模型系统，它的突变负荷位于常见的肿瘤突变范围之内——介于基因复杂的固体恶性肿瘤和分布在整个骨髓、较少受解剖限制、基因简单的白血病之间，因此可以借此深入了解癌症的分子进展。

根据达尔文理论模型，顺序性的突变的获得可以使得克隆细胞更好地适应微环境，导致更优克隆的生长胜过先前占优势的克隆。与白血病类似，MM主要在骨髓中生长，因此推测多发性骨髓瘤可以通过外周循环在多个位点之间自由移动或者转移，该推测与使用流式细胞术在外周血中观察到少量骨髓瘤克隆细胞的实验结果相一致。基于流式细胞的观察结果，可以预期与实体癌症相反，多发性骨髓瘤在整个含骨髓的骨骼系统中快速和均匀地分布更优克隆。然而，对于多发性骨髓瘤而言，这一预期并未得到证实，事实上，正电子发射断层扫描（PET）的全身成像结果与疾病的不均衡分布一致。80％以上的新诊断患者只在有限区域内出现恶性肿瘤局部病灶；所谓局部病灶，常常呈现出弥漫性间质性生长模式。局部病灶的数量（平均每个患者18）预示肿瘤的进展。

为了避免取样偏差，研究者的诊断取样方法包括由介入性放射引导的局部病灶取样和传统的髂骨活检。研究者开展应用来自临床的配对样本的基因组分析。通过对42个新诊断的和11个已经治疗过的多发性骨髓瘤患者多区域测序，研究者证实了大多数患者的空间层面的基因组异质性。此外，研究者表明空间异质性的程度与活检局部病灶大小正相关，符合晚期克隆的生长过程。研究者认为多区域测序对于了解患者内部的异质性和多发性骨髓瘤的进化过程至关重要。

研究方法

样本选择：

对42例新诊断的可获得DNA的患者随机采集的髂嵴诊断样本（RNAS）和CT引导的细针抽吸物（FNAS）进行空间基因组分析（图?1）。

研究治疗对空间异质性的影响使用来自11名患者的样品进行分析，其中两名患者也在新诊断患者组中（图?1）。

位点特异性高风险克隆的预后影响研究使用了263名患者的配对的RNAS/FNASGEP70数据。

研究成果

图1

染色体臂层面的异质性

研究者使用高分辨率单核苷酸多态性（SNP）微阵列和全外显子（WES）数据来检测拷贝数变异（CNA）。为了说明这种方法对亚克隆检测的灵敏度（阈值：~20％），研究者只使用以克隆的方式起码出现在配对样品当中的一个的拷贝数变异。基于这一策略，研究者发现在42例新诊断的患者中有17（40％）例染色体景观存在空间异质，就平均而言，每个样本有三个不共有的拷贝数变异（范围在1-28之间，图2a）。研究者们还发现所有的常用预后指标在其样本中都出现空间异质。关键的不良预后指标del（17p）在6例患者中有2例（33％）显示空间异质；其次是MYC基因座（t（MYC））的易位，16例患者中有4例（25％）携带这种易位（图2a）。尽管1p的删除缺失和1q21的扩增，与进展相关的重要变化经常在不同的空间位置之间共有，但在21位患者中有4位（19％），呈现出局部变异特性（图2a）。有趣的是，杂合性缺失（LOH），例如1q的杂合性缺失，往往导致空间异质性，并且在9名患者（21％，补充数据2）中是普遍存在的。染色体1和4的变化是空间异质性最常见的贡献者（n=7），其次是染色体5和8个（n=6），包括缺失，扩增和杂合性缺失L