HK基因的选择和性质.pptVIP

6.一般而言，我们观察到TSG要比HKG的表达水平低而且要短。我们发现许多中等适度表达的大基因，尽管我们根据EST数据定义为HKG，但是根据微阵列数据我们并没有列为HKG。 正是这种HKG检测的假阴性导致了微阵列数据低估了HKG的长度。 * * （三）进化特征 1.HKG的编码序列比TSG的编码序列进化的慢。从14961个人鼠同源基因计算出的Ka/Ks比率与表达宽度是负相关（图1c），与先前的观察一致。然而，我们观察到[-100，+100]核心启动子的序列分化与表达宽度也是负相关。（图1d） 2.HKG启动子（中位数：0.29）中每个位点的替换数比TSG（中位数：0.35）的要低（表一）。这些观察暗示了纯化选择对CDS和HKG的核心启动子都起作用。 * * * * 3.最近一项研究表明HKG的远的启动子比TSG降低序列保护，但是远启动子进化的理解需要对转录调控的复杂机理需要有一个清楚的认识，这些对于大多数人类HKG有很多的未知。 4.古老的基因往往是普遍表达的。 * * 为了验证，HKG是否比TSG老化，收集五个生物体中的同源基因（现代人类，斑马鱼，果蝇，线虫，酵母）。把15501（89.4%）个人类基因根据种族分布分为五类。种族分类近似了基因年龄；分化物种的基因越保守，他们就越古老。发现，一般而言，在生物体中，普遍表达的基因比特异性表达的基因更古老（图1e）；54.5%的HKG起源于脊椎动物分离之前，但是TSG中只有5.4%；但是只有11.6%的HKG是哺乳动物中特有，而TSG有70.8%. 这些观察与先前认为原始基因比较长并且进化比较慢是一致的。 * * （四）启动子结构 TATA盒和CpG岛是与组织特异性相关的启动子结构的两个最大特点。 1.TATA盒在HKG中不存在，但是CpG岛覆盖了大多数HKG的转录起始位点。 我们根据核心启动子中CpG岛和TATA盒的是否存在分类16585个人类基因。我们发现CpG+/TATA-, CpG-/TATA-, CpG-/TATA+和CpG+/TATA+基因分别占总数的58.0%，31.4%，6.7%和3.9%. CpG+/TATA-基因的分数与表达宽度是正相关，但是CpG-/TATA-和CpG-/TATA+是负相关。 奇怪的是，CpG+/TATA+基因同样在所有的表达宽度组中出现就像是随机发生一样。（图1f） * * 多于3/4的HKG（78.7%）主要有一个CpG+/TATA-核心启动子，但是TSG显示较少的偏好， CpG-/TATA-, CpG+/TATA-，CpG-/TATA+分别是60.2%，19.2%，17.7%。 2.大多数TSG在它们的核心启动子中既没有CpG岛也没有TATA盒。 通常，CpG岛会有多重GC盒约束通过转录因子SP1，GC盒加上起始子元素可以启动转录在TATA盒不存在的情况下。这些观察暗示了依赖CpG核心启动子代表了一种比较普遍的转录机理，并且依赖TATA盒启动是例外而不是规则。 * * 3.不同核心启动子的分数在各表达宽度组之间逐渐不同。这种启动子多样性暗示了不同类型的启动子可能演化为与定位演化机理同等的功能。 （五）结束语 与基因组织，表达速率，组织特异性,调控相关的结构和表达参数与可用程度和表达的关于基因和基因组进化的重要信息是相关的。以公开EST数据的深入分析为基础，重新计算与组织特异性相关的一些参数，并且与先前的以微阵列数据为基础的结果进行比较。 * * 验证了一些关系，如：组织特异性与Ka/Ks比率和表达水平正负相关。然而，我们的结果与先前的结果也有一些矛盾的地方： 1）HKG比TSG更不紧凑。基因组，转录组，编码序列长度，外含子数目HKG也比TSG多。 2)HKG加强而不是降低核心启动子区域的序列保护。 因此，纯化选择在HKG的编码序列和核心启动子上都起作用。我们也证明HKG比TSG更古老。多于一半的HKG起源于脊椎动物分化之前，但是只有5%的TSG是这样的。 * * 此外，我们显示大部分HKG依赖CpG的核心启动子，但是只有很小一部分依赖TATA的核心启动子，并且他们大部分既没有CpG岛，也没有TATA盒。这些观察突出了HKG在形成人类基础转录组的独特作用和对于理解在多细胞生物体中细胞独特转录组有重要意义。 * * * * * * * * HK基因的选择和性质 许秀竹 2010.1.20 * * 一、HKG的选择 （一）实时反转录PCR（RT-PCR）技术介绍： 因为它的灵敏性，特异性和对于选择基因的高通量和准确的表达谱的广泛量化范围，实时反转录PCR（RT-PCR）测量转录丰度已经变成一种常用方法。RT-PCR 是对于小基因集合的微阵列数据的确认和分子诊断最普遍使用的方法，并且当细胞数量很少时是特别有用的。 RT-PCR技术