磷脂生物代谢网络的对接重构计算.pdfVIP

中南大学学报(医学版) 2014,39(6) h句://www刷 J Cent South Univ (Med Sci) 541 .ARTICLES. ·论著· DOI: 10.11817/j.issn.1672-7347.2014.06.001 /xbwk/fileup/PDF/201406S4 1.pdf 磷脂生物代谢网络的对接重构计算 武治印1 气刘振明1.3 (1.北京大学理论生物学中心，北京 1∞871; 2. 中国医学科学院/北京协和医学院药用植物研究所，北京 1∞094; 3. 北京大学药学院，天然药物及仿生药物国家重点实验室，北京 1 ∞191) [摘要l 目的:拟在分析蛋白的功能聚类和体内作用基础上，建立生物体内蛋白质的生理功能相关网络，相关研究 结果有助于在基于整体生物学功能理解的基础上做出正确的选择。方法:通过多重对接策略构建生物功能网络，采 用受体-配体相互作用强度分子指纹图谱揭示蛋白质未知的生物学功能以及它们之间的联系。结果:对包含27个蛋白 酶和28个内源性生物活性分子的磷脂代谢网络进行了重构计算，从蛋白质-配基作用网络的重构和基于生物网络的分 子设计两个方面研究了直接相互作用方法在实际生物体系中的有效性。结论:对于弱相互作用的生物体系，通过多 次平行的对接计算和聚类分析方法可达到有效的排名和认定真正存在的相互作用的目的;本研究所建立的基于多重 对接和受体-配体相互作用强度指纹图谱的生物网络重构计算策略可进一步作为一类有效的工具，广泛应用在蛋白质 分类、靶标选择和抑制剂的设计中。 [关键词]蛋白质分类;多重对接;聚类分析;磷脂代谢网络 Oetailed docking of phospholipid biological metabolizing pathway l WUZhi抖n1,2,LIU Zhenming ,3 (1. Ceni叫or Theoretical Biology,Peki吨Universi:纱I Beijing 100871j 2. Institute ofMedicinal Plant Development, Chinese Academy ofMedical Sciences-Pekir以Jnion Medical College,Beijing 1 ∞094j 3. School ofPharma刷刽ω:1 Sciences, State Key Laborai切ry ofNatural and Biomimetiι Drugs， Peking Universi:纱I Beijing 100191, China) ABSTRACT Obj町世ve:To ∞nstruct protein functional network according to 由e physiological process in vivo and functionally based distinct families,to understand biological functions,and to make wise decisions. Methods: We described here a very effective strategy combining with multiple