生物信息学中基因数据可视化 - 仪器信息网.pdf

第 18 卷 　第 5 期 计算机与应用化学 Vol18 , No5 2001 年 9 月 28 日 Computers and Applied Chemistry September , 2001 生物信息学中基因数据可视化 杨锡南 , 孙啸 (东南大学 生物医学工程系 , 江苏 南京 　210096) 摘要 : 科学可视化技术是进行生物数据挖掘的重要手段。本文综合介绍了主要的基因数据可视化技术 : 各种基 因调控网、层次树显示、信息壁技术、语义镜。 关键词 : 科学可视化 ; 生物信息学 ; 基因数据 ; 数据挖掘 中图分类号: TP 399 :Q 75 文献标识码 : A 文章编号 : (2001) Visualization in Bioinformatics YAN G Xinan , SUN Xiao ( National Lab of Molecular and Biomolecular Electronics , Southeast University , Nanjing 　210029 , China) Abstract : The visualization is more and more important in the field of bioinformatics. And some leading technologies is introduced here : GeneNet and others , fisheye lens , Information Mural , Magic Lenses , etc. Key words : visualization ; bioinformation ; gene data ; datamining 1 　引言 随着人类基因组研究的重点向功能基因组转化 , 解读生物的遗传密码成为生物信息学的一项重要任 务。当今大量的核酸/ 蛋白质序列、基因/ 蛋白质结构和功能数据 , 各种疾病相关数据以及生物文献数据等 正飞速增长。如何充分利用这些数据、挖掘数据间潜在生物关系、解释这些数据 , 是计算机和生物学家面 临的巨大挑战。大多数生物学知识既不能象物理学那样以数学公式表示 , 又不能象计算机学那样以逻辑公 式表示 , 但却能以表格、图形、网络等直观的形式体现 , 因而可借助于科学可视化技术进行生物数据挖 掘。 科学可视化的目是理解、分析和解释数据。我们认为生物信息可视化可分为 3 个层次 : 分子模型化 - 分子信息显示 - 信息关联显示。构建分子三维模型来体现 DNA 分子双螺旋空间缠绕结构、或蛋白质折叠 结构 , 是最基本的生物信息可视化技术。随着分子生物学的发展 , 有更多的分子信息需要显示 , 如 DNA 的Z 曲线变换[1 ] 、蛋白质亲疏水表面、基因突变等 , 这就促使分子信息可视化技术进一步发展。生物分子 数据的最大特点是存在着复杂的相互关系 , 如 DNA 到 RNA 的映射关系 , 基因调控信息与基因表达数据之 间的关系 , 基因之间的相互作用关系等 , 这一特