二级数据库.ppt

与染色体相关的信息 基因组数据库 GDB 人类基因组数据库 AceDB 线虫(Caenorhabditis elegans)基因组数据库 / 其它模式生物基因组数据库 如：鼠基因组数据库 MGD （/） 酵母基因组数据库 SGD （/Saccharomyces/） Ensembl (/） 3、人类基因组数据库Ensembl Ensembl包括所有公开的人类基因组DNA序列，通过注释形成的关于序列的特征。 现在包括其他基因组，如大鼠、小鼠、线虫、果蝇等。 例如：基因 通过实验发现的 或者是通过GenScan程序预测的 其他的特征： 单核苷酸多态性（SNP）、重复序列等 Ensembl 数据库结构图 Ensembl提供多种查询方式 通过关键字查询 用BLAST进行相似序列的搜索 另一种更直观的方式是显示各染色体 用户可以在染色体水平上选择感兴趣的位点， 逐层放大 浏览整个基因组 人的第9号染色体及大鼠对应的染色体片段 其它生物分子数据库 核酸序列变化 单碱基多态性SNPs（Single nucleotide polymorphisms） SNPs对人类遗传学研究和医学应用具有重要的意义 无论对于人类种群遗传学的研究，还是对疾病性状分析或个体化医疗，都需要深入地研究SNPs。 单碱基多态性数据库dbSNP （/SNP/)， 表达序列标记数据库dbEST EST（Expressed Sequence Tags）方法已被证明是识别转录序列的最有效方法 ，EST序列大约覆盖了人类基因的90%。 DbEST (/dbEST/） 是GenBank的一个部分，该数据库包括不同生物的EST序列 数据及其它相关信息，主要是从大量不同组织和器官得到的短 mRNA片段。 WEB页面或email FTP 有关EST的数据 dbEST数据库 序列标记位点数据库dbSTS STS（Sequence Tagged Sites）是序列标记位点 dbSTS（/dbSTS/） 是NCBI的一个数据源，包含基因组短标记序列（STS） 的组成和定位信息。 可以通过BLAST搜索STS序列。 面向基因聚类数据库UniGene UniGene( /UniGene/) 数据库将GenBank中的序列进行自动分类，形成 面向基因群的非冗余集合。 每个UniGene群包含: 代表一个唯一基因的多个序列，附有该基因相关的信息， 如基因表达的组织类型、定位图谱 除了基因的序列之外，还包括大量的EST序列。 目前，UniGene中包括人类、大鼠、小鼠、牛的相关数据， 因为这些生物有大量的EST数据。 蛋白质二级结构数据库DSSP DSSP（http://www.sander.embl-heidelberg.de/dssp/） 是一个二级结构推导数据库。 对生物大分子数据库PDB中的任何一个蛋白质，根据其三维结构推导出对应的二级结构。 对研究蛋白质序列与蛋白质二级结构及空间结构的关系非常有用 除了二级结构以外，DSSP还包括蛋白质的几何特征及溶剂可及表面。 蛋白质同源序列比对数据库HSSP HSSP(http://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/） 二级数据库。 数据来源于PDB，或来源于SWISS-PROT 对于PDB中的每一个蛋白质，HSSP将与其同源的所有蛋白质序列对比排列起来，从而将相似序列的蛋白质聚集成结构同源的家族。 HSSP有助于分析蛋白质的保守区域，研究蛋白质的进化关系，有助于蛋白质的分子设计。 From PDB From Swiss-prot 多重序列比对 已知结构 → 未知结构 OMIM OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man),是关于人类基因和遗传疾病的分类数据库 。 该数据库收集了已知的人类基因及由于这些基因突变或者缺失而导致的遗传疾病。 OMIM的使用非常方便 查询程序根据输入到检索窗口的一个或几个词执行简单的查询，返回含有该词的文档的列表，用户可以在列表中选择一个或更多的异常查看其OMIM记录的全文 :80/entrez/query.fcgi?db=OMIM EPD EPD( http://www.epd.isb-sib.ch/ ) 是真核基因启动子数据库 提供从EMBL中得到的真核基因的启动子序列，目标是帮助实验研究人员、生物信息学研究人员分析真核基因的转录信号。 TRRD TRRD是一个关于基因调控信息的集成数据库，该数据库搜集真核生物基因转录调控区域结构和功能的信息。 每一个TRRD的条目对应于一个基因，包含特定基因各种结构－功能特性 TRRD6.0包括七个相关的数据表： （1）基因描述表TRRDG