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石榴转录组密码子使用偏向性-园艺学报
园艺学报,2017 ,44 (4) :675 –690.
Acta Horticulturae Sinica
doi :10.16420/j.issn.0513-353x.2016-0597;http ://www. ahs. ac. cn 675
石榴转录组密码子使用偏向性
1,2 3 4 1,2 1,2 1,2,*
张太奎 ,起国海 ,叶红莲 ,张孟伟 ,肖 巍 ,苑兆和
1 2 3
(南京林业大学南方现代林业协同创新中心,南京 210037 ; 南京林业大学林学院,南京 210037 ; 中国林业科学
4
研究院资源昆虫研究所,昆明 650224 ; 北京林业大学林学院,北京 100083 )
摘 要:对石榴(Punica granatum )转录组数据进行从头组装,预测完整 CDS 序列的密码子使用偏
向性;将石榴转录谱与其他8 种蔷薇分支物种基因组编码序列进行同义密码子相对使用度(RSCU )比较,
并对石榴 WRKY 和 MYB 家族基因进行亚家族进化分析和 RSCU 比较。结果表明:(1)石榴转录组主要
受自然选择压影响。密码子偏向性极强的基因多为细胞相关功能基因;没有密码子使用偏向性的基因多
与维持生命活动本质相关。(2 )基因差异高表达影响RSCU ,CpG 二核苷酸富集影响密码子适应性。(3 )
物种间亲缘关系越近,RSCU 值越相似。对蔷薇分支物种密码子进行 RSCU 比较,石榴与巨桉(Eucalyptus
grandis )偏向性基本一致。(4 )亚家族功能分化影响密码子偏向性。石榴WRKY 亚家族 1、4 和 13 在翻
译精氨酸、亮氨酸时分别偏向使用 AGG 、CUC,这与其不断进化的抗逆功能相关。石榴 MYB 亚家族 8
在翻译苏氨酸时偏向选择 ACA ,这与其扩张中的木质化功能相关。
关键词:石榴;密码子使用偏向性;转录组;基因家族
中图分类号:S 665.4 文献标志码:A 文章编号:0513-353X (2017 )04-0675-16
Codon Usage Bias in Pomegranate Transcriptome
1,2 3 4 1,2 1,2 1,2,*
ZHANG Taikui ,QI Guohai ,YE Honglian ,ZHANG Mengwei ,XIAO Wei ,and YUAN Zhaohe
1
(Co-innovation Center for Sustainable Forestry in Southern China,Nanjing Forestry University ,Nanjing 210037 ,China;
2 3
College of Forestry,Nanjing Forestry University ,Nanjing 210037 ,China;Research Institute of Resources Insect ,Chinese
4
Academy of Forestry ,Kunming 650224 ,China;College of Forestry,Beijing Forestry University ,Beijing 10
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