石榴转录组密码子使用偏向性-园艺学报.PDF

园艺学报，2017 ，44 (4) ：675 –690. Acta Horticulturae Sinica doi ：10.16420/j.issn.0513-353x.2016-0597；http ：//www. ahs. ac. cn 675 石榴转录组密码子使用偏向性 1,2 3 4 1,2 1,2 1,2,* 张太奎 ，起国海 ，叶红莲 ，张孟伟 ，肖 巍 ，苑兆和 1 2 3 （南京林业大学南方现代林业协同创新中心，南京 210037 ； 南京林业大学林学院，南京 210037 ； 中国林业科学 4 研究院资源昆虫研究所，昆明 650224 ； 北京林业大学林学院，北京 100083 ） 摘 要：对石榴（Punica granatum ）转录组数据进行从头组装，预测完整 CDS 序列的密码子使用偏 向性；将石榴转录谱与其他8 种蔷薇分支物种基因组编码序列进行同义密码子相对使用度（RSCU ）比较， 并对石榴 WRKY 和 MYB 家族基因进行亚家族进化分析和 RSCU 比较。结果表明：（1）石榴转录组主要 受自然选择压影响。密码子偏向性极强的基因多为细胞相关功能基因；没有密码子使用偏向性的基因多 与维持生命活动本质相关。（2 ）基因差异高表达影响RSCU ，CpG 二核苷酸富集影响密码子适应性。（3 ） 物种间亲缘关系越近，RSCU 值越相似。对蔷薇分支物种密码子进行 RSCU 比较，石榴与巨桉（Eucalyptus grandis ）偏向性基本一致。（4 ）亚家族功能分化影响密码子偏向性。石榴WRKY 亚家族 1、4 和 13 在翻 译精氨酸、亮氨酸时分别偏向使用 AGG 、CUC，这与其不断进化的抗逆功能相关。石榴 MYB 亚家族 8 在翻译苏氨酸时偏向选择 ACA ，这与其扩张中的木质化功能相关。 关键词：石榴；密码子使用偏向性；转录组；基因家族 中图分类号：S 665.4 文献标志码：A 文章编号：0513-353X （2017 ）04-0675-16 Codon Usage Bias in Pomegranate Transcriptome 1,2 3 4 1,2 1,2 1,2,* ZHANG Taikui ，QI Guohai ，YE Honglian ，ZHANG Mengwei ，XIAO Wei ，and YUAN Zhaohe 1 （Co-innovation Center for Sustainable Forestry in Southern China，Nanjing Forestry University ，Nanjing 210037 ，China； 2 3 College of Forestry，Nanjing Forestry University ，Nanjing 210037 ，China；Research Institute of Resources Insect ，Chinese 4 Academy of Forestry ，Kunming 650224 ，China；College of Forestry，Beijing Forestry University ，Beijing 10