一步一步学heatmap.2函数.doc

一步一步学heatmap.2函数 数据如下： library(gplots) data(mtcars) x - as.matrix(mtcars) rc - rainbow(nrow(x), start=0, end=.3) cc - rainbow(ncol(x), start=0, end=.3) X就是一个矩阵，里面是我们需要画热图的数据。 Rc是一个调色板，有32个颜色，渐进的 Cc也是一个调色板，有11个颜色，也是渐进的 首先画一个默认的图： heatmap.2(x) 然后可以把聚类数可以去掉：就是控制这个dendrogram参数 heatmap.2(x, dendrogram=none) 然后我们控制一下聚类树 heatmap.2(x, dendrogram=row) 只显示行向量的聚类情况 heatmap.2(x, dendrogram=col)只显示列向量的聚类情况 下面还是在调控聚类树，但是我没看懂跟上面的参数有啥子区别！ heatmap.2(x, keysize=2) ## default - dendrogram plotted and reordering done. heatmap.2(x, Rowv=FALSE, dendrogram=both) ## generate warning! heatmap.2(x, Rowv=NULL, dendrogram=both) ## generate warning! heatmap.2(x, Colv=FALSE, dendrogram=both) ## generate warning! 接下来我们可以调控行列向量的label的字体大小方向 首先我们调控列向量，也就是x轴的label heatmap.2(x, srtCol=NULL) heatmap.2(x, srtCol=0, adjCol = c(0.5,1) ) heatmap.2(x, srtCol=45, adjCol = c(1,1) ) heatmap.2(x, srtCol=135, adjCol = c(1,0) ) heatmap.2(x, srtCol=180, adjCol = c(0.5,0) ) heatmap.2(x, srtCol=225, adjCol = c(0,0) ) ## not very useful heatmap.2(x, srtCol=270, adjCol = c(0,0.5) ) heatmap.2(x, srtCol=315, adjCol = c(0,1) ) heatmap.2(x, srtCol=360, adjCol = c(0.5,1) ) 然后我们调控一下行向量，也就是y轴的label heatmap.2(x, srtRow=45, adjRow=c(0, 1) ) heatmap.2(x, srtRow=45, adjRow=c(0, 1), srtCol=45, adjCol=c(1,1) ) heatmap.2(x, srtRow=45, adjRow=c(0, 1), srtCol=270, adjCol=c(0,0.5) ) 设置 offsetRow/offsetCol 可以把label跟热图隔开！ ## Show effect of offsetRow/offsetCol (only works when srtRow/srtCol is ## not also present) heatmap.2(x, offsetRow=0, offsetCol=0) heatmap.2(x, offsetRow=1, offsetCol=1) heatmap.2(x, offsetRow=2, offsetCol=2) heatmap.2(x, offsetRow=-1, offsetCol=-1) heatmap.2(x, srtRow=0, srtCol=90, offsetRow=0, offsetCol=0) heatmap.2(x, srtRow=0, srtCol=90, offsetRow=1, offsetCol=1) heatmap.2(x, srtRow=0, srtCol=90, offsetRow=2, offsetCol=2) heatmap.2(x, srtRow=0, srtCol=90, offsetRow=-1, offsetCol=-1) ## Show effect of z-score scaling within columns, blue-red color scale ## hv -