基于SLAF-seq技术的红心火龙果SNP位点开发及遗传分析.pdfVIP

热带作物学报2017，38(4)：591—596 Chinese of JournalTropicalCI-ops 基于SLAF—seq技术的红心火龙果SNP 位点开发及遗传分析 俞 超1，陈 煜1，汪财生H，陈佳怡1，金从标z 1浙江万里学院．浙江宁波315100 2宁波绿苑农业开发有限公司，浙江宁波 315734 摘 要 为分析不同品种红心火龙果的遗传关系，本研究采集国内14种红心火龙果品种，通过生物信息学分析 进行实验方案的系统设计，将所提取基因组进行酶切，筛选特异长度的DNA片断，构建SLAF—seq文库后进行 高通量测序，将获得的序列进行分析比较后得到多态SLAF标签，在此标签基础上进一步开发特异性SNP位点， 最后建立14种红心火龙果品种的进化树。本研究共开发159560个SLAF标签，样品的平均测序深度为5．26×： 共得到120 51 294个群体SNP，其中高一致性的群体SNP859个。12种红心火龙果聚类结果发现，样品1、2、 6、8、10同缘关系相近；样品3、5、7、9同缘关系相近；样品4、14同缘关系相对较近。研究表明应用 因组水平揭示不同地区品种之间的遗传分化关系，为火龙果种质的保护和遗传改良提供参考。 关键词 红心火龙果；SLAF—seq；SNP位点；遗传分析 中图分类号S667．9 文献标识码A SNPSites DeVelopmentbySpecificLengthAmplification FragmentSequencing(SLAF—seq)and Genetic inRed Analysis Pitaya YU Cha01，CHENYul，WANGCaishengH，CHENJiayil，JINCongbia02 1 W∞lh zhejt(1ngUn钿erstty，Ntngbo，zhejt(HLg3i5ioo，Chinu 2LM一弘帆Agricu触以c0巾。删io儿L地Ⅳin加o，办可i伽g3J5刀4，∞inⅡ AbstractTo the different 14red varie“eswereco¨ectedand analyzegeneticrelationshipamong cIlltivars， pitaya schemeofthe was basedonbio—infomlatics SLAF—seqtechnology．The experimentdesigned technology． sequencedby Genomewasextractedand sizeofDNAwerechosento constllJctthe digestedbyenzyme，specific SLAF—seq After a amountof wereobtainedandusedto the library． high—thmughputsequencing，great sequences gain SLAF software foundthedistributionof SNP polymorphismtagsby alignment，then specificsites．Finallyev