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ChemDraw 常用化学软件新版本简介 北京宏剑科迅计算机技术中心 Beijing Hong-cam Computer Technologies Center Name=Structure Name=Structure Gaussian03 Fujistu Cache 优 势 4倍精确度 支持所有的主族元素 AM1支持更多过渡金属 大型分子 蛋白质和生物分子 Windows桌面操作 Fujistu BioMedCache 其余特色 自动使用PDB数据库改造HET群 针对蛋白质和生物分子的分子力学和分子动力学参数 用户自定义的氨基酸库 状态显示可以列出原子数、网格电荷以及分子式等参数 算法的改进 优 势 蛋白质 药物发现 可视的化合物数据库 新的缎带模型 蛋白质序列编辑器 活性位表面鉴定 对生成热和金属的计算是普通方法精度的4倍 晶体的生成和装配 新的MM2和MM3方法 选择和互动操作是以前版本的10倍 应用实例 量化Cache中采用ZINDO方法，计算了胸腺嘧啶的紫外 光谱，并且分析了当发生光吸收时候的轨道变化。 在270nm时，胸腺嘧啶吸收光子，同时一个电子由最高 占据分子轨道（HOMO)跳跃到分子的最低空轨道（LUMO)。 图例如下： 应用实例 自由基是非常活泼的，为了显示一个激发态的胸腺嘧啶 分子是如何与另一个胸腺嘧啶分子反应的，在下图中用不同 的颜色标记出了胸腺嘧啶分子表面对自由基攻击的敏感程度。 其中黄色靶心的位置更容易被攻击。 应用实例 如果两个胸腺嘧啶分子堆叠到一起，那么激发态胸腺 嘧啶分子的LUMO分子轨道就处在靶心的上方，然后胸腺 嘧啶的紫外吸收就可以导致二聚作用的发生。为了观察是 否有这种可能，采用绿色标记出DNA中的胸腺嘧啶，在下 图可以看到两个胸腺嘧啶分子出得非常近。 应用实例 由此，我们可以得出结论：在270nm时，DNA中的胸腺嘧 啶分子发生紫外吸收，并且相邻的两个胸腺嘧啶分子发生二聚 反应，从而导致整个DNA分子的失活。 在这个例子中，我们用到了Cache中的以下功能： 几何优化 紫外可见光谱 分子重叠 活性表面 分子轨道 基团标色 Multi-purpose Molecular Dynamics Package for Windows Materials Explorer 2.0 Materials Explorer适用的领域 有机、聚合物、生物分子、金属、陶瓷、半导体等。 晶体、非晶质固体、液体和气体（周期边界）。 相变、膨胀、压缩抗张强度、缺陷等 建模能力 Crystal Builder 允许研究无机固态或者是分子晶体体系。 Solution Modeler能够通过简单的设定构造多组分液体或气相体系 Layer Cell Modeler用于研究多相体系（例如气－固相互作用，有机双分子膜， 固态颗粒边界等） 用Cache或者WinMopac编辑器建立的结构可以直接输入到Materials Explorer中。 很容易设定分子束用于研究晶体或晶体外延生长，表面吸附和表面损坏。 拷贝、剪切和粘贴操作使得建立有缺陷或者掺杂的体系变得更加容易。 可选的终端－服务器模块使得在矢量机或者对称多处理UNIX服务器上的高性能 计算成为可能。 Potential Editor管理势场数据库中势能的形式和参数的读入和编辑。 含时的温度和压力控制允许研究相的转换和模拟退火。 Adsorption of methane on zeolite 实　例 分子筛是具有均匀的微孔、其孔径与一般分子大小相当为一类吸附剂或薄膜类物质。在化学化工中经常被用作催化剂或者催化剂的载体。 Layer-Cell Modeler easily creates simulation of water-benzene interface 实　例 相：在体系内部物理性质和化学性质完全均一的一部分称为“相”（Phase)。相与相之间在指定的条件下有明显的界面，在界面上，从宏观的角度看，性质的改变是飞跃式的。 科研性能 灵活的模拟性能包括： 使用Parrinello-Rahman-Nose方法的NEV，NTV, NPH and NTP 对于键的限制的SHAKE和MATRIX算法 周期边界条件 统一的原子模型 对相互作用计算的高级算法可以显著改进计算的效率。 外部电场的应用。 由大量高质量、已发表的势场组成的势场数据库， 包括双体、三体和 嵌入的原子模型。 MgO Substrate Sputtered by Ar Plasma 实　例 物理气相沉积(Physical Va