核酸及蛋白质化学 - 华中农业大学.pdf

核酸及蛋白质化 杨在清 生命科学技术学院 蛋白质部分 第一章 蛋白质组成及结构 第一节 组成蛋白质的氨基酸 第二节 蛋白质的一级结构与进化 第三节 蛋白质的空间结构 第四节 蛋白质各级结构之间的关系 第五节 球状蛋白质构象的运动 第一节 组成蛋白质的氨基酸 根据侧链结构和性质的不同分为： 1. 脂肪族氨基酸 2. 芳香族氨基酸 3. 羟基氨基酸与含硫氨基酸 4. 酸性氨基酸及其酰胺 5 . 碱性氨基酸 另外，蛋白质中还常含有修饰氨基酸 1. 脂肪族氨基酸 甘氨酸 （Gly, G ） 亮氨酸 （Leu, L ） 丙氨酸 （Ala, A ） 异亮氨酸（Ile, I ） 缬氨酸 （Val, V ） 脯氨酸 （Pro, P ） Gly 无侧链； 双面角可自由转动,无空间位阻； 任意扭曲，柔性大； 甘氨酸 常出现在需要运动或转折的肽链片段中。 Ala 小，侧链只有一个甲基 无化学活性 在蛋白质分子中可处于 丙氨酸 内部或表面 Val 、 Ile、Leu 带有分支的支链氨基酸，产生的位阻也更大； 易于在蛋白质分子中固定于一定位置，并有利于链 的折叠 缬氨酸 亮氨酸 Pro 一种亚氨酸,具有固定的构型 α氨基与侧链C原子成环，很强的立体化学效应 使肽链形成一个转角而改变主链方向 对二级结构有破坏作用，但仍能出现在 这些结构末端或弯曲部位 常暴露于蛋白质分子表面 脯氨酸 2. 芳香族氨基酸 苯丙氨酸（Phe, F ） 酪氨酸 （Tyr, Y ） 色氨酸 （Trp, W ） Phe 、Tyr、Trp Phe 疏水作用很强; 而Tyr、Trp 带极性侧链，疏水性较差； Tyr 酚基易解离，易形成较强的氢键，故常出现在分子内。 三种氨基酸C 与芳环之间仅有一个可转动的C 甲烯基，从而 α β 限制了侧链的柔性，Trp有大的吲哚环，影响更大。 侧链环堆积不规则，常以相互垂直的“人”字型排列，其存在 形式对周围结构有很大影响。 苯丙氨酸 3. 羟基氨基酸与含硫氨基酸 丝氨酸 （Ser, S ） 半胱氨酸 （Cys, C ） 苏氨酸 （Thr, T ） 甲硫氨酸 （Met, M ） Ser、Thr 侧链带有羟基，可形成氢键, 也可通过水分子 间接形成氢键 化学性质活泼，具有重要的功能 丝氨酸 苏氨酸 Cys 巯基（–SH ） 易氧化形成带有二硫键的胱氨酸 与金属离子如Fe、Zn 、Cu 等配位结合 结合蛋白质中一些非蛋白基团 在蛋白质空间结构中成簇聚集，因此, 常藏在蛋白分子内部，形成特定的模体（motif ）结构 Met 疏水性大 柔性大 常埋藏在蛋白质分 子内部