oneseq 靶向序列捕获系统 - agilent.pdf

OneSeq 靶向序列捕获系统 全基因组拷贝数变化、cnLOH 、插入和缺失以及基因突 变的同时检测 应用简报 作者 摘要 微阵列芯片比较基因组杂交 (aCGH) 分析目前是测定传统染色体拷贝数变化的金标 Anniek De Witte 准。尽管此项技术曾有助于鉴定多个新型微缺失综合征，但基因组问诊的最终解决是 Kyeong-Soo Jeong 需要精确到碱基水平。基于全基因组测序 (WGS) 的初步研究表明，同时实现 SNP 检 Arjun Vadapalli 出以及高分辨率拷贝数分析需要对全基因组进行高深度、高覆盖的大量测序。这种大 量的测序要求不符合多数临床实验室高通量、低成本的需求。该应用简报旨在介绍 OneSeq 技术，这是一种革命性地可以将所有检测都集为一体的 SureSelect 靶向序列 捕获技术。结合 SureCall 分析软件，它可以在一次综合分析里面同时实现对全基因组 水平拷贝数目变异、中性杂合缺失 ，插入和缺失 ，基因突变等所有 (cnLOH) (Indels) 变异的检测。通过对已知的染色体变异样本进行分析，我们发现该技术可以实现从小 至 150 kb 到大至全基因组三倍体的拷贝数变化检测、以及对中性杂合缺失 (cnLOH) 片段、Indels、单碱基突变的检测。因此我们可以得出：OneSeq 靶向序列捕获技术 提供了一个可以同时检测全基因组水平拷贝数变异以及基因突变的实用解决方案。 前言 方法 智力障碍、自闭症和注意力缺陷多动症 等先天性结构畸 靶向序列捕获基因组合设计 (ADHD) 形和发育性疾病是神经精神性疾病，在幼儿期可表现为偏离正 OneSeq 靶向序列捕获试剂盒基于安捷伦 SureSelect 技术， 常发育方向。过去的 年中，研究人员在确定导致此类疾病的 5 一共包含 组探针。第一组探针，基于基因组骨架区域进行设 3 具体遗传原因方面获得了重大进展。先前研究采用的方法主要包 计，可用于检测基因组水平的拷贝数目变异（通过将实验样本 括用于检测融合基因的染色体核型分析和荧光原位杂交 (FISH) 、 与已知参考序列的样本进行比较来实现）；第二组探针，基于 用于检测拷贝数变化的 aCGH 以及直接通过测序和 PCR 的方 对基因组区域中那些高频次等位基因 SNP 区域设计，用于检 法来检测基因突变。尽管 WGS 具有提供从单基因突变到非整 测cnLOH ；第三组探针，针对感兴趣的目标区域进行设计，用 倍性全类型畸变测定的单个平台解决方案的潜力，但高深度全