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X-ray與結構生物學 醫學二(B) 組長：B9302071 張士純 組員：B9302067 范馨月 B9302078 陳芳婷 B9302090 萬智杏 B9302096 盧聖芸 B9302101 黃怡婷 書面報告：B9302071 張士純 1 目錄 一、摘要3 二、前言3 三、理論4 1. X-ray 繞射原理 4 2. 蛋白質的結構與性質 6 四、結果討論6 1. 利用 X-ray解開 DNA的 3-D結構 6 2. 利用 X-ray研究蛋白質的 3-D結構 8 3. 重建蛋白質結構所遭遇的問題 9 4. 誤差 10 5. 肌球蛋白實驗 10 6. 重要貢獻 12 7. 近來發展12 五、問題討論12 六、書面問題13 七、參考文獻22 八、附圖23 2 一、摘要 X-ray 用 來 研 究 生 物 結 構 的 技 術 稱 之 為 X-ray 晶 體 學 （ X-ray crystallography），意即利用 X-ray 繞射法分析高度純化結晶的蛋白質的每個 基團和原子的空間定位。在 1950 年代前，因 X-ray crystallography 未發展成 熟，科學家所能揭示的最大結構是維生素 B12。直到 1957 年，John Kendrew 才 克服了種種困難，以X光結晶照相術測定出myoglobin這巨大複雜的蛋白質的三 維結構。 X-ray的原理在於所得到的光點圖像可以顯示出倒晶格的結構，真晶格的結 構和原子的電子密度。倒晶格的結構可以由傅立葉轉換推倒得到。真晶格的結構 必須經由實際光點的強度分佈比對(structure factor)結構因數。電子雲密度則 是實際分析每個光點的強度後與(atomic factor)原子因數比對。將以上三樣結 果綜合分析後，就可以得到晶體的結構。 X-ray繞射晶體學的主要目的是要找出振幅和相角，得到電子密度圖。再由 多張電子密度圖比較取得蛋白質的3-D結構。在這過程中，會有三大問題，那就 是結晶問題、相角問題和溫度問題。最好的結晶就是singular crystal。X-ray 繞射圖中，繞射角無從得知，所以利用重原子同晶置換法、分子置換法或多波長 非尋常散射法(MAD)來分析相角。蛋白質高溫變形，所以溫度的不同將造成晶體 結構的改變。 一個詳細的蛋白質晶體結構，有助於基礎科學的發展，也為酵素工程、新藥 開發等生物科技，提供了不可或缺的理論基礎。X-光晶體繞射學在同步輻射光源 的應用和結構基因體學的發展上頗有突破。同步輻射光源在於其光源強大、品質 穩定、以及光源能量可調整，提供了大分子結構解析最佳的工具。結構基因體學 (Structural genomics)的發展，使得蛋白質大量表現和晶體的養成技術逐漸進 入機械化的階段，不論在速度、數量、樣品用量控制或晶化技術都有顯著的進步。 巨大複雜的複合物的結構能一次又一次地挑戰已知的極限。 二、前言 結構生物學（Structural Biology）是用大規模的方法測定蛋白質三維結構 的一門學問。研究內容包括規模化地測定蛋白質的三維結構、代表性的生物大分 子結構和蛋白質三維結構和功能預測。 當今用來測定生物體結構最常