基因组重排问题的分析解答.PDF

数学建模校内赛比赛论文 题目：基因组重排问题的分析解答 组长：钟林琨 学号：1153376 组员：丁翔宇 学号：1151253 组员：吴 昊 学号：1151212 日期： 2014年5月6 日 基因重排问题的分析解答 摘要：本文针对由进化理论所产生的三个基因组排序问题做出了较为正确的解 答。首先本文引入了将基因组转换为整数列的方法，为之后问题的解答提供了 很大的方便。针对问题一，本文结合相关文献给出了任意长度的逆序序列到正 序序列的最小换位次数及其证明，并给出一种具体变化的方法。可以计算出， 本题中的最小换位次数为6；针对问题二，本文参考学术界的相关研究，利用断 点图理论得到了计算任意一个无重复元素数列经倒置变化到目标数列的最小次 数d，公式为 = − + ℎ + ，其中b为数列对应的断点图中黑边的数量，c为 断点图中环的个数，h为篱笆的个数，f为堡垒的个数。结合本题中的基因组， 可以计算出本题理论的最小倒置次数为7，并介绍了一种可以使一个无重复元素 的数列经倒置获得目标数列的算法。针对问题三，本文首先简化了这个问题， 先定性地设置判断步骤，检验基因组之间能否满足转换的两个条件，通过条件 限制得知：基因组S到T 以及基因组T到R 的转换次数为无穷大，也就是这两组基 因不能相互转化，它们的亲缘关系很远。在满足上述两种条件的情况下，对算 法进行简化，将复制操作和倒置、换位操作分开进行：先给出所有的复制可能 性，然后带入倒置算法中计算，得到最后的总变换次数结果，理论上倒置和换 位的组合排序肯定优于单独使用倒置的算法，但由于技术的原因，本文采用了 问题二中的倒置次数的计算法来代替倒置加换位次数的计算法，而实际上，从 一个基因组到另一个基因组，全部采用倒置变换的转换次数必定大于等于使用 倒置和换位结合的变换的次数。根据本文的给出的算法，求得基因组S到R 的转 换次数为5 。 关键字：基因重排，最少换位次数，最少倒置次数，复制、换位及倒置组合重 排最少次数 1 一、问题重述 现代进化理论中，比较不同物种之间的亲疏关系一直是一项令人着迷的课 题。八十年代以前，科学家主要集中研究基因组中脱氧核苷酸序列差异的分 析，从而比较两个物种的亲缘关系的远近。而之后的研究表明，基因在染色体 上的位置对种群亲缘关系有着更加重要的影响，其中，基因在染色体上会发生 多种位置的变化，包括换位、倒置与复制等。通过分析两个基因组序列相互转 换时所花费的上述变化的数量-转换次数，即可得到不同物种间的亲缘关系。据 此，需要解决下述三个问题： （1）“换位”是被生物学家所广泛承认的进化事件之一。它是这样发生的， 某一串相邻的基因从原有位置整体移动到某两个相邻基因之间。比如我们用字母 来表示基因，把他们排成一排表示在染色体上的位置，那ACDEBGF到ABGCDEF 就发生了一次“换位”，因为CDE整体插入到G和F之间。假设某两个物种基因在染 色体上的排列分别为 和 ，并且 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 10 9 8 7 6 5 4 3 2 1 在进化过程中只发生了换位事件，试给出算法计算这两物种之间至少发生了多少 次换位？ （2 ）“倒置”是生物学家所发现的又一个进化事件。它是指一整串相邻的 基因倒置，由于染色体为线性的，所以这里的基因是有方向性的，即正反两个 方向。倒置既可以对单个基因进行，也可以对一串基因进行。对一个基因发生 时，即改变其正负号。对一串基因进行时，改变基因串的顺序并改变每个基因 的方向。例如，我们用字母来表示基因，用正负号来表示基因的方向。那么A- CB-FED到AF-BCED就发生了一次倒置,因为片段-CB-F变换成了F-BC。试给出算法 计算下面两个物种之间所需倒置的次数：