视色素光谱.doc

物理化學實驗報告 實驗六 視色素光譜 老師：陳榮輝教授 第 六 組 U9132002 黃啟雄 U9132003 黃聖化 U9132011 郭哲嘉 U9132015 孫千惠 U9132029 張家銘 一、實驗目的 如何運用Hyperchem軟體算出分子最穩定的結構，並求出其最大吸收波長。 二、視覺化學 視覺細胞 視網膜上的感光細胞有：錐狀細胞(cone)、桿狀細胞(rod) 感光色素(photoprgment or visual pigment)有四種，其一在桿狀細胞上，餘三在錐狀細胞上。所有感光色素均具有視蛋白(opsin)及發色體 (chromophotric group，為維生素A衍生物)，不同的視蛋白具有不同的光譜吸收率。 視網膜紫質 視網醛(視黃素retinene)是一種含吸光性物質的結合蛋白質感光性色素，它是由維他命A (視綱醇retinol)造出來的醛，有兩種異構體(isomer)，11-順視網醛(11-cis retinene)，反全-反視網醛 (all-trans retinene)。 化學結構： 視網醇 視網醛 視網酸 ”pigment bleaching”。 三、實驗步驟(電腦操作) 1.連按 draw二下，顯示週期表。 2.點選C元素畫all-trans retinal結構。 3.按 select，調整結構。 4.按Setup/Molecular Mechanics 5.選MM+方法，再按OK。 6.按Compute/Geometry Optimization。 7.在RMS gradient of 輸入0.2 Kcal/〔A mol〕，再按OK，電腦開始計算。 8.按Setup/semi-empirical/選PM3，再按視窗右下方的Options/ configuration Interaction/Singly Excited/Orbital Crterion/在occupied輸入5及unoccupied輸入5/按OK/按OK/再按OK。 9.按Compute/single point，即計算出電子光譜。 10.按Compute/Electronic Spectrum即顯示光譜圖。 11.在光譜圖上看到最大吸收波長(綠色最長)。 12.視窗左下即顯示Wavelength及Oscillactor Strength等相關資訊。 四、實驗(電腦)操作結果 Molecule λ(nm) Oscillator Strength Energy all-trans retinal 452.86 2.179 32.930347 11-cis retinal 472.49 1.436 36.228996 Trans rhodopsin model 482.30 1.929 29.955746 11-cis rhodopsin model 482.60 1.940 29.493834 all-trans vitamin A 444.87 1.557 27.923904 11-cis vitamin A 444.87 1.557 27.923904 電腦操作畫面如下： all-trans retinal all-trans retinal 幾何最佳化 光譜圖及數據 11-cis retinal 幾何最佳化 光譜圖及數據 trans rhodopsin 幾何最佳化 光譜圖及數據 11-cis rhodopsin 幾何最佳化 光譜圖及數據 all-trans vitamin A 幾何最佳化 光譜圖及數據 11-cis vitamin A 幾何最佳化 光譜圖及數據