动脉粥样硬化相关基因和蛋白质数据库的初构.pdfVIP

· 966 · 山西医药杂志2008年 11月第37卷第11期 ShanxiMedJ，November2008，Vol37，No．11 动脉粥样硬化相关基因和蛋白质数据库的初构 邢台医学高等专科学校(054000) 侯津杰 郭靠山 河北省荣誉军人康复医院 张瑞娟 乔钦增 河北省邢 台县 中医院 陈爱须 摘【 要】 目的 构建动脉粥样硬化相关基因和蛋白质数据库，以促进动脉粥样硬化医学生物信息学的研 究。方法 以GenBank、Pubmed、PDB、OMIM等数据库作为信息数据来源；根据动脉粥样硬化相关信息的内容将 数据库设计为基因、蛋白质和功能3部分；编写软件从上述信息资源中获取数据，分类整理，存入数据库，利用软 件的管理和查询功能对本地数据进行管理和检索。结果 经过 OMIM、文献和相关数据库的检索，目前确定了 127个动脉粥样硬化的相关基因，97个蛋白质；建立动脉粥样硬化相关基因和蛋白质数据库，并对其内容进行初 步分析。最终实现发布和查询。结论 通过整合现有相关信息，建立一个种类繁多、内容齐全与动脉粥样硬化相 关的二级数据库，为动脉粥样硬化和心脑血管的研究提供一个新的便捷的生物信息查询的工具。 【关键词】动脉硬化；基因；蛋白质类；计算生物学；数据库 Thepreliminaryconstructionofthedatabaseofatherosclerosisrelatedgenesandproteins HOUJinqie ，GUOKao- shan， 4^G『Rui-juan，QIAOQin—zeng，a：匠NAi-xu． XingtaiMedicalCollege，Hebei054000，China A【bstract】 Objective ToconstructatherosclerosisrelatedgeneandtOproteindatabaseandprovideauseful querytoolfortheresearchofatherosclerosisinbiomedicalinformation．Methods Daataleocllectedfromadtabasessuch asGenBank，Pubmed，PDBand0MIM ．Anditemsoftheadatbasearedividde into3aspects：gene，proteinandfunc— tion．Datawereclassifide ．andstorde intodatabasebyprogrammingandpublishde onweb．Results Wefound127 genesand97proteins berelatde toatherosderosisfrom OMIM ，relatde articles anddatabases．Andthecontentsof databasewerealsoanalyzed．Conclusion A ocmpleteandcomprehensiveadatbaserelatde ot atherosderosishasbeen ocnstructed，providinganewnadusefulbioinformaticsquerytoolforatherosclerosis，cardiovascularandcerebrovascular research． ． K【eywords】Arteriosclerosis；Crene；Proteins；Computationalbiology；Databases GenBank作为关于核苷酸以及蛋白质序列信 病，而且发现了许多参与动脉粥样硬化形成的相关 息的主要数据库，为其他生物学数据库的建立提供 基因，但其发病的确切分子生物学机制仍不十分明 了丰富完善的资源…1。但因其内部信息的暴涨与 确。对动脉粥样硬化相关基因和蛋白质的数据亦 冗余，用于解决生物信息学和分子生物学中特殊问