芯片数据预处理方法-594.pptxVIP

基因芯片数据预处理; 基因芯片（gene chip），又称DNA微阵列（microarray），是由大量DNA或寡核苷酸探针密集排列所形成的探针阵列，其工作的基本原理是通过碱基互补配对检测生物信息。;;单通道/双通道基因芯片实例; 杂交完成后，要对基因芯片进行“读片”，即应用激光共聚焦荧光扫描显微镜，对基因芯片表面的每个位点进行检测。;计算机“读片”机理;数据预处理分析流程：算法（以cDNA芯片为例）;1 探针水平数据（probe-level data）的获得 提取生物样品的mRNA并反转录成cDNA，同时用荧光素或同位素标记。在液相中与基因芯片上的探针杂交，经洗膜后用图像扫描仪捕获芯片上的荧光或同位素信号，由此获得的图像就是基因芯片的原始数据（raw data），也叫探针水平数据。 获取探针水平的数据是芯片数据处理的第一步，然后需要对其进行预处理（pre-processing），以获得基因表达数据（gene expression data）。基因表达数据是芯片数据处理的基础。 基因芯片探针水平数据处理的R软件包有affy, affyPLM, affycomp, gcrma等。 ;2 预处理 2.1 背景（background）处理 背景处理即过滤芯片杂交信号中属于非特异性的背景噪音部分。一般以图像处理软件对芯片划格后