地山雀线粒体基因组全序列的测定和分析.pdf

动 物 学 研 究 2010，Aug. 31(4): 333−344 CN 53-1040/Q ISSN 0254-5853 Zoological Research DOI ：10.3724/SP.J.1141.2010.04333 地山雀线粒体基因组全序列的测定和分析 1 2 1, * 杨 超 ，雷富民 ，黄 原 (1. 陕西师范大学 生命科学学院，陕西 西安 710062 ；2. 中国科学院动物研究所 动物进化与系统学重点实验室，北京 100101) 摘要：基于长距 PCR 扩增及保守引物步移法测定并注释了地山雀(Pseudopodoces humilis) 的线粒体基因组全 序列。结果表明，地山雀线粒体基因组全长 1.6 809 万 bp ，A+T 含量为 52.9%，37 个基因排列顺序与红原鸡一 致。蛋白质基因的起始密码子中，除 COI 基因为 GTG 外，其余均为 ATG 。ND1 和 ND5 基因终止密码子为 AGA ； COII 基因为 AGG ；COIII 和 ND4 基因为不完全终止密码子 T ；其余基因均为典型的TAA 或 TAG 。预测了22 个 tRNA 基因的二级结构，发现 tRNASer (AGN)缺少 DHU 臂，tRNAPhe 的TψC 臂存在一单核苷酸插入。预测的地山 雀 12S 和 16S rRNA 二级结构分别包括 3 个结构域 47 个茎环和 6 个结构域 60 个茎环。 控制区位于 tRNAGlu 和 tRNAPhe 之间，长度 1240 bp 。控制区结构为高变I 区、中央保守 II 区和保守序列 III 区 3 个结构域。 关键词：地山雀；雀形目；山雀科；地山雀属；线粒体全基因组；RNA 二级结构；中央保守区 中图分类号：Q344.13;Q786;Q959.739 文献标志码：A 文章编号：0254-5853-(2010)04-0333-12 Sequencing and Analysis of the Complete Mitochondrial Genome of Pseudopodoces humilis (Aves, Paridae) 1 2 1,* YANG Chao , LEI Fu-Min , HUANG Yuan (1. School of Life Sciences, Shaanxi Normal University, Xi’an 710062, China; 2. Key Laboratory of Zoological Evolution and Systematics, Institute of Zoology, the Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China) Abstract: The complete sequence of Pseudopodoces humilis mitochondrial genome was determined by using long PCR and conserved primers walking approaches. The results showed that the e