介绍免费蛋白序列分析软件包antheprot 4.doc

前面的话 免费软件的一大特点，就是帮助文件一般较为简单，这个软件包尤为突出，不信选择程序的HELP，你会发现虽然程序功能强大，但帮助文件只有非常简单的一些使用信息，实在令人失望。但你可以在解压出的文件中，找到doc_ant.exe文件，解压在另一个目录，是HTML格式的介绍文件，对软件进行了一些介绍。 我花费了大量时间，写出了这篇使用介绍，希望对你的使用有所帮助，更高深的使用只能由自己去挖掘。希望谁有心得，能写出来提供给大家。如果你觉得我介绍的软件与写出的帮助对你的工作非常有帮助，请您寄给我10元钱或者更多，这不仅是对我经济上的资助，这对我也是精神上的鼓励，鼓励我将这个网站继续做下去。毕竟，我的收入是非常有限的,不一定能保证我一直将这个网站继续下去。谢谢。 地址:石家庄市 华药四区 5-3-401 谈杰 050031 生物的化学，就是蛋白质与核酸的化学。对蛋白质的研究是生物化学领域一个非常重要的部分。近年来，通过实施基因组计划，得到了大量的蛋白序列数据，但是，面对如此众多的蛋白质序列数据，其分析工作是一个非常困难的工作。用人工的方法是不可能完成如此大量的分析工作的。运用计算机，利用一定的运算规则，进行蛋白序列分析是唯一的方法。蛋白序列分析软件包ANTHEPROT 4.3正是这样的一个程序。 蛋白序列分析软件包ANTHEPROT 4.3是位于法国的蛋白质生物与化学研究院（Institute of Biology and Chemistry of Proteins）用十多年时间开发出的蛋白质研究软件包。软件包包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容，功能非常强大。应用此软件包，使用个人电脑，便能进行各种蛋白序列分析与特性预测。感谢软件的编写者，他们将此软件包免费提供给此领域的同行使用，这对于我国的科学技术人员来说，实在是一件好事。因为一个功能再多再好的专业应用软件，如果作为商业软件进行销售的话，往往使大多数需要使用此软件的科技人员因为科研经费的问题，无缘使用，这点在我国尤为突出。 软件分为三个版本，分别用于Unix系统，DOS系统与WINDOWS95或98系统，让我以用于WINDOWS系统的版本为例，介绍一下这个软件的基本用法。 软件包为一个自解压执行文件，文件名Anthe4_3c.exe，大小为1.9兆。执行此文件，输入解压后存放的目录名，便可将所有文件解压在此目录下。主程序名为Anthewin，在桌面上建立它的快捷图标，双击快捷图标便打开了ANTHEPROT 4.3主窗口。 通过主程序，我们可以载入蛋白序列，对序列进行编辑、打印、拷贝、改变设定等操作，更重要的是，我们可以在此调用各种所需的分析工具，对蛋白序列进行分析。 一． 序列编辑功能 ANTHEPROT 4.3的主窗口便是其序列编辑窗口： 可以使用 按键或菜单中的File/Open命令打开各种序列文件，程序识别的文件类型包括： 单序列文件格式：*.SEQ，（ANTHEPROT 3.3支持以下格式的单序列文件：DNA/Strider 格式、EMBL格式、NBRF格式、Pearson/Fasta格式、PIR 格式与IG/Stanford格式); 含有多个蛋白序列的蛋白数据库文件：*.BAS，(以Pearson/Fasta格式添加序列，上限为30条序列或32K文件大小); ClustalV 或ClustalW 文件：*.ALN 含有ClustalW格式的多队列； 含有多队列的Multalin 4.1格式文件：*.MUL； 在Prosite 蛋白数据库中查寻出Site结果的文件：*.SIT， 蛋白质原子空间结构的PDB格式文件：*.PDB； 使用IBCP（http://wwww.ibcp.fr/predict.html）*.CNS； 序列可以从ANTHEPROT编辑窗口以键盘输入，或者以*.SEQ等文件格式载入，也可以从其它文件复制粘贴到编辑窗口。最简单的序列格式为Pearson/Fasta格式，为文本格式文件，带有开始的为序列蛋白的名称，其后便是蛋白序列。下面为一个此格式的例子： MBN VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDL KKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGD FGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG 程序支持的一些编辑功能如下： 取消，恢复（Undo）：Ctrl+Z。 查找Ctrl+T。 支持复制与粘贴。 可以自定义字符颜色，背景色与打印字体。 可打印序列文件。 输入或载入序列后，便同时打开了一个图像窗口，以彩图的形式显示出蛋白序列。不同