杨磊-计算氨基酸残基-许超汉老师-R 2.docxVIP

因为是考R命令，建议大家敲一下这些命令，理解的更容易一些，而且也方便以后使用。R基本命令：R赋值：=和-和-查看当前环境变量ls() 删除变量rm()查看和导入R中的预存数据data()eg.删除所有对象rm(list=ls())，删除变量x和y：rm(x,y)测试运行时间：system.time()获取帮助：(eg.solve函数)：①?solve②help(solve)③example(solve)加载R文件:source(“one.r”)sink函数：sink(“a.r”)输出流定向到a.r里，sink()重新将输出流定向到控制台常用函数：log2(),log10(),幂exp(),平方sqrt()…R基本数据结构R的基本数据结构：向量(最重要的对象)、矩阵、数组、数据框、因子、列表构建向量:x-c(1,2,3,4,5)等价于c(1:5)-x等价于assign(x, c(1,2,3,4,5))等价于x-seq(1,5,length=5)表示构建从1到5 的长度为5的等差数列z-c(8,6,4,2)等价于z-c(2*4:1)等价于z-seq(8,2,length=4)y-c(x,0,x)创建11个元素的y向量。向量的运算：每一个元素都可以进行相应的运算，且长度可以不同。v - 2*x + y + 1产生长度为11的向量v，它由2*x重复2.2次，y重复一次，1重复11次得到的向量相加而成。常用函数(针对向量)：均值mean()、方差var()、最大值max()、最小值min()长度length(),累积乘积prod(),升序排序sort()、最大最小值range()。unique()可去重复其他函数:s5 - rep(x, times=5)将x拷贝5次放到s5中is.na(x)返回一个逻辑向量，表示x中是否是NA（not available）,若是NA则返回TRUE类似的有is.nan(x)判断是否为NaN(NaN表示数据不可利用,如0/0)is.null(x)判断对象x是否为空，is.infinite判断x的元素是否为Inf(无穷)构建字符向量:x-c(“Hello”,”World”)等价于x=c(‘Hello’,’World’)等价于x-paste(c(‘Hello’,’World’))paste()函数将参数一个接一个按照分隔符连接：如paste(c(chr),c(1:22,’X’,’Y’),sep=)返回chr1，chr2直到chrY.索引向量：在向量x的方括号中加入索引变量可获得x的子集eg. x[is.infinite(x)]- -1将x中为无穷的数全部替换成-1 x[c(3,1,5,1,2,3)] 取x的第3,1,5,1,2,3个元素，x[1:5]取x前5个元素。 x[!is.na(x) x5 ]取x中不为NA且大于5的元素。x[-c(1:3)]取除1到3之外的名字索引：names(x)-(“orange”,”banana”)然后可以利用x[“orange”]相当于访问x[1]常量：逻辑常量、数字常量、复数常量(complex)、字符常量、还有NA,NaN,Inf,NULL对象查看对象的模式：mode(x)。分为逻辑、数值、复数、字符、raw产看对象的类型：typeof(x).分为逻辑、integer、double、复数、字符、raw查看对象的存储类型：storage.mode(x)分.为逻辑、integer、double、复数、字符、raw对象模式的强制转换：as.character(x)-x ，还有as.raw，as.double等attributes(x)查看x的所有其他属性。使用attr(x,”names”)-c(‘’one,’two’)可更改x属性。attr(x,”names”)可查看x的names属性。使用class()获取对象类。例如matrix，numeric，data.frame等。构建分组因子：例如一个数据库m每行存储着一个用户的信息，列的属性有ID、name、class。factor(m$class)-User按用户的类别分组，形成User分组因子。可使用levels(User)查看class类别构建数组：Arr-seq(1:24);dim(Arr)-c(3,4,2)构建了一个3*4*2的数组。等价于array(c(1:24),dim=c(3,4,2),dimnames = NULL)等价于array(c(1:24),c(3,4,2))数组子集操作：Arr[1,2,1],Arr[,2,1],Arr[,,1]。向量中的索引向量、is.na()等同样适用于数组数组进行算术计算时，对应元素相运算，要求各数组的维度一致。外乘积运算(A中每个元素按顺序同B中每个元素相乘):AB-A%%B等