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第4章：不可培养微生物 Uncultivated Microorganisms Contents 4.1 ：微生物分类 4.2 ：微生物的分离和培养 4.3 ：微生物的鉴定 4.4 ：不可培养微生物 4.5 ：甲烷营养古菌与甲烷厌氧氧化 4.6 ：微阵列技术在不可培养微生物研究中的应用 4.7 ：宏基因组学（metagenomic ） 4.1 ：微生物分类 微生物是地球上最丰富的细胞生命形式，它们在陆地 和水生环境中的细胞数量超过了5×1030 ，比植物和动物 细胞总数还多至少2-3个数量级。地球上的物种估计大约 有150万，其中微生物超过10万种，而且其数目还在不断 增加。 4.1 ：微生物分类 生物分类的两种基本原则： a ）根据表型(phenetic)特征的相似程度分群归类，这种表型 分类重在应用，不涉及生物进化或不以反映生物亲缘关系 为目标。 b ）按照生物系统发育相关性水平来分群归类，其目标是探 寻各种生物之间的进化关系，建立反映生物系统发育的分 类系统。 从进化论诞生以来，已经成生物学家普遍接受的分类原则 一、通用分类单元 分类是认识客观事物的一种基本方法。我们要认识、 研究和利用各种微生物资源也必须对它们进行分类。 分类 命名 鉴定 一、通用分类单元 分类(classification) ：根据一定的原则对微生物进行分群 归类，根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分 类群的特征进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进 行鉴定； 命名(nomenclature) ：是根据命名法规，给每一个分类 群一个专有的名称； 鉴定(identification ：借助于现有的微生物分类系统，通 过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类地 位的微生物所应归属分类群的过程。 分类单元及其等级 域 （Domain ） 根据Carl Woese的 界 （Kingdom ） 理论，现在还在界之 上使用域(domain) 门 （Phylum ） 纲 （Class ） 把全部生物先分为古 生菌域、细菌域和真 目（Order ） 核生物域；只有真核 科 （Family ） 生物域下再分为原生 生物界、真菌界、动 属 （Genus ） 物界和植物界。 种 （Species ） 细菌域 古菌域 常用的细菌分类学术语 1 ）培养物(culture) ：一定时间一定空间内微生物的细胞 群或生长物。如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。 2 ）菌株(strain) ：从自然界中分离得到的任何一种微生物 的纯培养物都可以称为微生物的一个菌株；用实验方法(如 通过诱变) 所获得的某一菌株的变异型，也可以称为一个 新的菌株，以便与原来的菌株相区别。 Bacillus subtilis ASI.398 生产蛋白酶 Bacillus subt