比较基因组学与分子进化.ppt

多序列比对数据库 序列相似性比较和序列同源性分析 序列相似性比较： 就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等； 序列同源性分析： 是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有CLUSTAL等； Clustal简介 CLUSTAL是一种渐进的比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系；然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树，对关系密切的序列进行加权；然后从最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入为止。 Clustal的渐进比对过程 在比对过程中，先对所有的序列进行两两比对并计算它们相似性分值，然后根据相似性分值将它们分成若干组，并在每组之间进行比对，计算相似性分值。根据相似性分值继续分组比对，直到得到最终比对结果。在比对过程中，相似性程度较高的序列先进行比对而距离较远的序列添加在后面。 多序列比对工具－clustalX Clustalx的工作界面（多序列比对模式） Clustalx的工作界面（剖面(profile)比对模式） Clustal的工作原理 Clustal的应用 1.输入输出格式。 输入序列的格式比较灵活，可以是前面介绍过的FASTA格式，还可以是PIR、SWISS-PROT、GDE、Clustal、GCG/MSF、RSF等格式。 输出格式也可以选择，有ALN、GCG、PHYLIP和NEXUS等，用户可以根据自己的需要选择合适的输出格式。 Clustal的应用 2.两种工作模式。 a.多序列比对模式。 b.剖面(profile)比对模式。 3.一个实际的例子。 多序列比对实例 输入文件的格式(fasta)： KCC2_YEAST NYIFGRTLGAGSFGVVRQARKLSTN…… DMK_HUMAN DFEILKVIGRGAFSEVAVVKMKQTGQVYAMKIMNK……. KPRO_MAIZE TRKFKVELGRGESGTVYKGVLEDDRHVAVKKLEN…… DAF1_CAEEL QIRLTGRVGSGRFGNVSRGDYRGEAVAVKVFNALD…… 1CSN HYKVGRRIGEGSFGVIFEGTNLLNN…… 第一步：输入序列文件。 第二步：设定比对的一些参数。 常用的系统发育分析软件： MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) / Phylip（the PHYLogeny Inference Package） /phylip.html PAUP (phylogenetic inference package) MEGA系统发育分析软件 举例:从其它工具得到的比对结果中构建系统发育树 options设置菜单 How Is Expression Studied? How Are Genes Regulated? What’s a Good Marker Gene? 系统发育树构建界面 Click green boxes to obtain options 距离: MYH9 HUMAN与MYH9 RAT的距离是:0.037+0.015 MYH9 RAT与MYH9 CHICK的距离是:0.015+0.045+0.054 The promoter region of the gene in question can be isolated from the rest of the genome, attached to a marker gene, and reinserted into the worm. With the promoter region, the marker gene will be regulated in the same way as the studied gene. Thus, cells expressing the studied gene will also express the marker. 多序列比对工具 CLUSTALW/X AMAS CINEMA DIALIGN HMMT Match-Box MultAlin MSA Musca PileUp SAGA T-COFFEE ClustaW/X is a general purpose multiple align