2013.12.16 -- 孔育华 RNA-seq转录本重构方法的评价.pdfVIP

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2013.12.16 -- 孔育华 RNA-seq转录本重构方法的评价

RNA-seq转录本重构方法的评价 By孔育华 RNA-seq转录本重构方法评价《自然-方法学》（Nature Methods ）人 25 protocol variants of 14 independent computational methods 线虫黑腹菌 1 ，核酸水平上评价每一种方法灵敏性和准确性 • f 2 ，对RNA-seq数据外显子的识别 2.1 • 模糊外显子边界 2.2 • 直接识别翻译开始终止区和剪切受体及供体（外显子） • 广泛利用underlying的基因组序列来推测 2.3 • 测序深度与准确性 • 测序深度与灵敏度（低丰度的编码转录本中发现外显子） 2.4 • 基因内的长非编码RNA被检测的频率远低于来源于假基因和未分类的过度转录本 • 非编码RNA的表达水平要低于编码蛋白的基因 3 对RNA-seq数据内含子识别三个物种的内含子具有显著的差异 • 内含子长度增加 3.1 • 内含子overlap在已知剪切位点 • 内含子在存在一个或者两个异常剪切位点的情况 • 异常链接区 • 依赖与underlying读长比对和一些更保守的aligners 4 对RNA-seq数据转录异构体重构 • 组装转录本，转录本匹配参考序列。 • 依赖与基因位点。 4.1 • 一个基因对应多个剪切产物 4.2 • 考虑包含部分匹配的转录异构体，对第一个外显子和最后一个外显子采用弹性评价模型 4.3 • 测序深度与转录本，基因 4.4 • 非编码转录本，假基因，过渡基因 4.5 • 完整的异构体经常未能被组装 4.7 • 报告了不同的转录本及表达估值 5 对RNA-SEQ 的基因表达量估计 • RPKM值 5.1 • 表达水平的估值可能差的非常大，甚至转录本结构一致的情况下 6 DISCUSSION RNA-seq reads进行转录本重构