2013.11.25 -- 顾丽朋 采用单细胞RNA测序技术揭示人类和小鼠早期胚胎的遗传过程.pptVIP

LOGO LOGO 利用单细胞RNA-Seq技术揭示人和小鼠早期胚胎的遗传过程 Zhigang Xue1*, Kevin Huang2*, Chaochao Cai2, Lingbo Cai3,Chun-yan Jiang3, Yun Feng1, Zhenshan Liu1, Qiao Zeng1,Liming Cheng1, Yi E. Sun1, Jia-yin Liu3, Steve Horvath2 Guoping Fan2 一、实验思路 单细胞RNA-Seq→ 基因转录组的动态变化 SNV和SNP→基因在发育过程中的表达模式 WGCNA→ 阶段性发育（共表达基因模型） 细胞周期、基因表达、转录和新陈代谢等是逐步的过程 与小鼠比较→胚胎发育的保守性和特异性 哺乳动物植入前胚胎发育的基因调控机制提供了资源 结论 二、实验数据 a.人：母系 26-35岁 父系 精子捐献者 b.小鼠：母系C57BL/6 4-6周 父系PMSG精子 为了数据的准确性，还与其它文库的比较以及对三个样本的鉴定 三、主要内容 RNA-Seq测序的聚类和PCA 1 父亲的外显子测序和SNP分析 2 权重基因共表达网络的分析 3 与小鼠测序数据的比较 4 1.RNA-Seq测序的聚类和PCA 结论：①cells of different pre-implantation stages form distinct clusters 不同阶段的细胞形成不同的聚类 ②blastomeres from the same 8-cell embryo are more similar to each other than blastomeres from a separate 8-cell embryo 来自于同一8细胞胚胎的卵裂球彼此间相似度大于来自于不同8细胞胚胎的卵裂球 Compare genes expression of mature oocytes and 1-cell embryos 比较卵母细胞核单细胞胚胎的基因表达状况 结论：149 differentially expressed genes ，79 up- regulatedand 70 down regulated in 1-cell embryos. 和卵母细胞相比，单细胞胚胎中，79个上调，70个下调。即149个基因表达不同。 relative expression patterns of 1-cell activated genes across all pre-implantation stages. 单细胞胚胎中，激活的基因在所有其他阶段的相对表达情况 upregulated genes half remain highly expressed in 2- and 4-cell stages but down regulated at the 8-cell stage,一半在2细胞和四细胞阶段高表达，在8细胞阶段却下调 the other half remain highly expressed in 2- and 4-cell stages and further upregulated at the 8-cell stage 另一半在8细胞阶段都持续上调 2.父亲的外显子测序和SNP分析 paternally or maternally expressed genes 基因是父本还是母本 Embryo number 1 双等位基因 Embryo number 2 单等位基因 Embryo number 3 unclear by inferring phased paternal haplotype information or by leveraging sites which are paternally homozygous in exome sequencing, but heterozygous in embryo transcripts 通过推断分阶段父本单倍体信息和一些父本纯合子基因组测序的网站 研究发现在各个阶段大约15%-20%的基因参与转录 结论：53% of 8-cell embryo transcripts and 23% of morula transcripts exhibit monoallelic maternal expression patterns 8细胞胚胎转录本中53%表现为母本单基因表达方式，桑葚胚中为23% 结论：within