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两种雌激素受体与抑制剂作用的机制 - 山东科学
山东科学 第24卷 第2期 2011年4月出版
SHANDONGSCIENCE Vol.24No.2Apr.2011
文章编号:10024026(2011)02000806
两种雌激素受体与抑制剂作用的机制
李龙飞,孙德福,张少龙 ,张庆刚
(山东师范大学物理与电子科学学院,山东济南250014)
摘要:对雌激素受体ER 和ER 与抑制剂244结合的体系进行了12ns的分子动力学模拟,用MMPBSA方法计算了体
α β
系的结合自由能,抑制剂与ER 的结合自由能是-30.11kJ/mol,与ER 的是-33.32kJ/mol。ER 中Met421侧链原子
α β α
与抑制剂间的静电排斥作用使活性口袋周围的残基构象发生变化,导致活性区域中结合空穴变大,从而使 ER 与抑制
α
剂的亲和性降低。自由能分解计算进一步说明了各个残基对自由能的贡献。
关键词:MMPBSA/GBSA;结合自由能;ER抑制剂
中图分类号:O641.12 文献标识码:A
Functionmechanismoftwoestrogenreceptorsandaninhibitor
LILongfei,SUNDefu,ZHANGShaolong ,ZHANGQinggang
(CollegeofPhysicsandElectronics,ShandongNormalUniversity,Jinan250014,China)
Abstract∶Weperformed12nsmoleculardynamicssimulationforestrogenreceptorER andER andinhibitor244.We
α β
alsocalculatedtheirbindingfreeenergywiththemethodofMMPBSA.Suchenergyofinhibitor244andreceptorER is
α
-30.11kJ/mol,andtheenergyofinhibitor244andreceptorER is-33.32kJ/mol.Electrostaticrepulsionbetween
β
Met421sidechaininofER andtheinhibitorchangestheconformationofMet421Leu346andPhe425.Thiscausesbigger
α
bindingcavityandfurtherdecreasesthebindingofER andtheinhibitor.Freeenergydecompositioncalculationindicates
α
thecontributionofindividualresiduetothefreeenergy.
Keywords∶MMPBSA/GBSA;bindingfreeenergy;ERinhibitor
雌激素(estrogens)在雌性生
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