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的蛋白质组学 - pfind
生物化学与生物物理进展
Progress in Biochemistry and Biop hys ics
2015, 42(2): 101~ 114
“自顶向下 (top down) ”的蛋白质组学*
———蛋白质变体的规模化鉴定
**
孙瑞祥 罗 兰 迟 浩 刘 超 贺思敏
( 中国科学院智能信息处理重点实验室, 国科学院计算技术研究所,北京100 190; 国科学院大学,北京100049)
摘要 高分辨率质谱技术的快速发展使得“自顶向下”的蛋白质组学(top-down proteomics)研究逐渐成熟起来 在完整蛋白质
水平上研究蛋白质组可以提供更精准、更丰富的生物学信息,特别是对于蛋白质上发生了多种关联性的翻译后修饰的情况
另外,由于基因突变、RNA 可变剪接和大量蛋白质翻译后修饰的存在,同一个基 往往最终会产生多个 “蛋白质变体”
(proteoform) ,而要准确地鉴定这些蛋白质变体,也离不开 “自顶向下”的蛋白质组学 在蛋白质水平上的分离技术、质谱技
术与生物信息学技术是完整蛋白质鉴定最关键的三项技术 高效的分离技术是实现规模化蛋白质变体鉴定的前提,有效的质
谱碎裂是提供可靠鉴定的核心,而快速准确的质谱鉴定算法则是数据分析效率的保障 本文对这三项技术进行了详细总结,
重点集 在生物信息学相关技术上,包括对完整蛋白质的质谱数据预处理、数据库搜索鉴定以及翻译后修饰定位等几个计算
问题的讨论
关键词 “自顶向下(top-down) ”的蛋白质组学,串联质谱技术,生物信息学,蛋白质鉴定
学科分类号 Q51,TP39 DOI: 10.16476/j.pibb .2014.0078
蛋白质组学是21 世纪初生物学的研究 点, 鉴定数量上接近 “深度覆盖”酵母的全蛋白质组;
其中,规模化的蛋白质鉴定是计算蛋白质组学中的 然而,仍有 14%的蛋白质(538 个)仅鉴定到了一个
[1]
一个基础问题 目前广泛采用的方法是称为 “自 肽段,鉴定蛋白质的序列覆盖率平均也仅有 18%,
底向上”(bottom-up ,BU) 的策略:通常先将蛋白 这说明采用 “自底向上”以肽段为研究 心的方
质的复杂样品进行酶切产生肽段的混合物,然后通 法鉴定到的蛋白质序列覆盖率很低,大约存在
过液相色谱等技术将这些肽段的混合物进行分离, 10%~20%鉴定到的蛋白质,“仅窥独树,未览森
进而通过质谱技术将肽段碎裂,并根据碎裂谱图 林” 在这种情况下,当需要从鉴定到的肽段完成
的离子峰信息进行数据库搜索来鉴定肽段,最后将 蛋白质的组装时,由于蛋白质变体(proteoform[5])之
鉴定到的肽段进行组装、推理获得样品中所含有的 间在氨基 序列上的高度相似性,往往会导致蛋白
[2-3] [6]
蛋白质 所谓 “底(bottom) ”一般是指肽段,而 质推理结果的不确定性 ,其本质是由于BU 方法
“上(up) ”则是指由肽段到蛋白质的推理过程, 天然的信息缺失所导致的 另外,翻译后修饰之间
“自底向上”蛋白质鉴定策略的基本思想是“从局 的关联信息往往对生物过程的调控起着关键作用,
部推断整体” 如果一个蛋白质上同时发生了多个翻译后修饰,
当前,蛋白质的BU 鉴定技术正向着深度和快 BU 分析方法中的酶切过程使得肽段与蛋白质之间
速覆盖全蛋白质组的方向发展,这主要源于质谱采 的归属信息缺失,导致要分析这些不同修饰之间的
集速度的大幅提升 20 13 年 10 月Coon 研究组发
[4]
表的论文 实现了一小时鉴定酵母的3 977 个蛋白
* 国家重点基础研究发展计划(973)(20 13CB911203, 20 10C
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