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剑桥结构数据库简介 剑桥结构数据库是集合了晶体数据的收集、整理与计算机化工作的数据库，收录了全世界范围内所有已认可的有机及金属有机化合物的晶体结构；其提供的分子晶体结构涵盖精准的分子结构信息（如键长、键角、两面角等），及分子间相互作用的信息（如氢键、极性作用、范德华作用、芳香性作用等）。分子晶体结构信息是现代科学的重要基础，它已为现代化学、生物学、物理学、材料等学科的发展做出了极大的贡献（如帮助发现化学键、氢键、蛋白质、DNA、核酸、催化剂、光电学材料等），是多种学科的一个极其重要的工具。 多年来，CSD一直保持不间断更新（每年增加超过50,000个结构信息），同时完善已有的结构信息。随着网页的定期更新和访问最新出版的结构信息，订户可以掌握最新的研究信息（如图1所示）。目前，剑桥结构数据库含有875,000多有机及金属有机化合物的X射线和中子射线衍射的分析数据；其独特的3D结构已经成为世界上众多科学家必不可少的资源。 图1显示自1972年以来，CSD的增长情况。红色柱状表示每年增加的结构量。 剑桥结构数据库中的每一条信息都包括： 三维结构数据：原子坐标、晶胞参数、空间群、结构精密度指标、温度与压力条件、 无序分布细节 二维结构图：原子和键的性质与关联 化学式和化合物名称，多肽化合物的氨基酸序列 完整的文献资料，其中部分直接与电子版文献连接 交叉引用立体异构体及有关重新解释和确认的详情 其它已发表的与该分子有关的信息：化合物来源、结晶条件、结对构型的确定实验、 多晶型现象（同质多像）及生物活性 应用范围： 搜索、显示晶体结构 分析分子参数 研究构象取向 搜索药效团模型 检测分子内和分子间相互作用 快捷地提取与分析分子的几何结构 预测分子间相互作用 确认特定官能团间相互作用的模式 检索相似的晶胞堆积特性 计算晶胞堆积相似度等 CSD产品包 CSD-System CSD系统 ConQuest, Mercury, PreQuest, Mogul, IsoStar, WebCSD, enCIFer 和CSD Python API。 CSD-Materials CSD材料版 所有CSD系统中的内容，以及： 1. Mercury 和CSD Python API的其他功能； 2. 构像异构体生成器和DASH CSD-Discovery CSD探索版 所有CSD系统中的内容，以及： 1. Mercury 和CSD Python API的其他功能； 2. Hermes, GOLD, SuperStar, Relibase和构像异构体生成器 CSD-Enterprise CSD企业版 包含所有以上内容。 功能模块： 剑桥数据库系统由以下八部分构成： ConQuest：是从剑桥结构数据库搜索和提取结构信息的基础软件，该程序提供在数据库中全方位的文字、数字查询及高级搜索功能。★Classroom Conquest：为帮助群体教学活动所设计的，拥有ConQuest所有功能，用户可以根据需要无限量安装Classroom Conquest。(参见图2和图3) 用户使用ConQuest还可以做到： 1. 绘制化学子结构的直观线框图，定义几何参数； 2. 导出系统结构，直接进入Mercury链接； 3. 管理热点结构，整合搜索结果 4. 进行CSD批量搜索 图2：ConQuest绘图窗口 图3：浏览热点结构的同时进行搜索功能 Mercury：提供了一整套丰富的软件工具，能够显示及比较 3D晶体与分子结构，从而探索分子网络与晶胞堆积。利用该模块，可以完成计算显示几何参数，显示晶体切面，显示立体视图及空间群对称元素，模拟多晶衍射图等项任务（参见图4）。 图4： Ethyl 2-amino-oxazole-5-carboxylate 的BFDH理论晶体结构展示(BOQROO)。 PreQuest：可以方便用户构建自己专用的晶体结构数据库，之后可以使用ConQuest单独搜索或者与CSD结合进行搜索。该模块可以识别众多的数据输入格式，同时可根据三位晶体结构自动显示二维化学结构图、进行二维化学结构图的编辑功能以及显示、验证和编辑三维结构数据。 Mogul：只需点击一下，即可迅速从CSD中几百万个各类化学键长、键角和非环扭转角数据中提取信息，以便快捷地显示分子的几何结构。应用范围包括验证新的晶体结构，发现非同寻常的几何特性，查证通过计算而得到的构象（如，过滤筛选蛋白质-配体嵌合模拟的结果，以便去除不可能的配体构象），以及建立配体库用于蛋白质晶体结构的精确调整（图5）。 图5：转氨酶结构中应变配体几何的识别(1ajs)。 IsoStar：可提供对收集在CSD和PDB实验数据中的非键相互