第五课序列的获取及提交.pptVIP

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第五课序列的获取及提交

本地序列信息的编辑 Sequin也是一种很好的利用了NCBI数据模型的ASN.1编辑工具,而且在不久的将来会成为许多采用NCBI的序列分析工具的平台,因此,Sequin是可供选择的升级工具。 Sequin是一种ASN.1编辑器。用ASN.1数据描述语言写成的NCBI数据模型,可用来使相关信息在描述器或特征项中保持在一起,特征项是典型的生物概念(如:基因,编码区,RNAs,蛋白质),这些概念通常在一条序列中有一个位置(一个或多个间隔)。描述器可用于传送应用于多个序列的信息,这样避免了重复输入同一条信息的多个拷贝。 编码序列特征,或CDS,是DNA或RNA和蛋白质序列的联系,随同正确的翻译表一起, 在有效性中其正确定位占据了中心位置。 在mRNA中正确地找到开放的读框架通常是很简单的, 并且有多种工具可供利用 [ 如:NCBI的ORF查找器(见章末列表)],而且在Sequin中是作为一个函数(如下);从一个较高级的真核生物获得正确的CDS间隔就不那么容易了:必须连接不同的外显子序列,这涉及许多方法, (如果给定蛋白质序列和正确的遗传密码的话, Sequin中的推荐间隔函数可以计算CDS间隔)。 如通过互联网或Sequin。有效性检查包含CDS间隔中的起始和终止密码子,该间隔具有合法的外显子/内含子一致边界,用合适的遗传密码可将提供的氨基酸序列从指定的CDS中转换出来。 如何提交到互联网 三个数据库都设计了一种表格,以使DNA序列提交到自身的数据库中:DDBJ的Sakura(樱花开)、EBI的WebIn、和GenBank的BankIt。 DDBJ/EMBL和GenBank的一般联系信息以及提交DNA序列到这些数据库的入口。 DDBJ(信息生物学中心,NIG) 地址:DDBJ,1111 Yata, Mishima,Shiznoka 411,Japan 传真:81-559-81-6849 E-mail 提交: ddbjsub@ddbj.nig.ac.jp 更新: ddbjupd@ddbj.nig.ac.jp 信息: ddbj@ddbj.nig.ac.jp 互联网 主页:http://www.ddbj.nig.ac.jp/ 提交:http://sakura.ddbj.nig.ac.jp/ EMBL(欧洲生物信息协会,EMBL分部) 地址:EMBL Outstation, EBI, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton Cambridge, CB 10 1SD, United Kingdom 电话:01.22.349.44.44 传真:01.22.349.44.68 E-mail 提交: datasubs@ebi.ac.uk 更新: update@ebi.ac.uk 信息: datalib@ebi.ac.uk 互联网 主页:http://www.ebi.ac.uk/ 提交:http://www.ebi.ac.uk/subs/allsubs.html WebIn:http://www.ebi.ac.uk/submission/webin.html GenBank(国家生物技术信息中心,NIH) 地址:Gen Bank National Center for Biotechnology Information, Nationtional Library of Medicine, National Institutes of Health, Building 38A, Room 8N805, Bethesda MD 20894 电话:301-496-2475 传真:301-480-9241 E-mail 提交: gb-sub@ EST/GSS/STS batch-sub@ 更新: update@ 信息: datalib@ebi.ac.uk 互联网 主页:/ 提交:/Web/GenBank/submit.html BankIt: /Web/BankIt/ 其它资源,按照它们在本章中出现的顺序列出如下: 分类学浏览器: /Taxonomy/tax.html 在DNA序列数据库中使用的遗传密码: /htbin-post/Taxonomy/wprintgc?mode=c 寻找ORF:链接到BLAST页上的读框架寻找器 /gorf/gorg.html DDBJ/EMBL/GenBank特征表文档可用WWW方式获得或者从EBI或NCBI的FTP服务器上得到PostScript文件。 /collab/FT/ http://www.ebi.ac.uk/ebi_docs/embl_db/ft/feature_table.html /genbank/docs/ ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databa

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