基于碱基间隔距离模型的多瘤病毒系统发育关系分析 - 湖南工业大学 .pdf

第 卷第 期 湖 南 工 业 大 学 学 报 28 3 Vol.28 No.3 年 月 2014 5 Journal of Hunan University of Technology May 2014 doi :10.3969/j.issn .1673-9833.2014.03.0 19 于碱基间隔距离模型的 多瘤病毒系统发育关系分析 1 1 2 立前 李 瑞 温在义 湖南工业大学 计算机与通信学院，湖南 株洲 ； 湖南工业大学 理学院，湖南 株洲 ） 1. 412007 2. 412007 摘 要： 序列的碱基间隔距离分析方法可以对完全基因组序列进行较好地分析，但是对短基因序 DNA 列分析的效果不佳。因此，在碱基间隔距离的基础上，提出了一种改进的DNA 序列碱基间隔距离模型，并 结合欧式距离，构建了 种多瘤病毒基因组的系统发育树。通过将所得系统发育树的拓扑结构与已有文献 70 中的结果进行对比与分析，发现所获得的结果同传统方法计算的结果基本一致，验证了所提方法的有效性。 关键词：完全基因组；碱基间隔距离；欧氏距离；系统发育树 中图分类号： 文献标志码： 文章编号： Q19 A 1673 9833(2014)03 0094 05 - - - The Phylogenetic Analysis of Polyomavirus Based on the Inter-Nucleotide Distance Model 1 1 2 ， ， Zhou Liqian Li Rui Wen Zaiyi (1. School of Computer and Communication, Hunan University of Technology, Zhuzhou Hunan 4 12007, China ； 2. School of Science, Hunan University of Technology, Zhuzhou Hunan 412007, China) ： Abstract The DNA sequence inter-nucleotide distance analysis method can better analyze the complete genome sequence, but it is not ideal for short genome sequence. Therefore based on inter