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南京农业大学学报 ２０１７ꎬ４０(１):１１６ １２２ ｈｔｔｐ:/ / ｎａｕｘｂ.ｎｊａｕ.ｅｄｕ.ｃｎ
Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ＮａｎｊｉｎｇＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ＤＯＩ:１０.７６８５/ ｊｎａｕ.２０１６０４０１４
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李传海ꎬ尚健ꎬ聂文芳ꎬ等. 家鸽粪便细菌多样性的高通量测序分析及其环境意义[Ｊ]. 南京农业大学学报ꎬ２０１７ꎬ４０(１):１１６ １２２.
家鸽粪便细菌多样性的高通量测序分析及其环境意义
１ ２ ２ １ １∗
李传海 ꎬ尚健 ꎬ聂文芳 ꎬ李立峰 ꎬ曹慧
(１.南京农业大学生命科学学院/ 农业部农业环境微生物工程重点实验室ꎬ江苏 南京 ２１００９５ꎻ
２.宣城市种植业局ꎬ安徽 宣城 ２４２０００)
摘要:[目的]研究家鸽粪便细菌群落组成与结构特征ꎬ明确鸽粪中病原微生物主要类群ꎬ探究鸽粪微生物多样性与环境风
险之间的关系ꎮ [方法]以规模化养殖场家鸽粪便为试验材料ꎬ采用Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＭｉＳｅｑ高通量测序方法分析了３个养殖场鸽粪
(ＨＰ、ＷＢ和ＨＨ)细菌１６Ｓ ｒＤＮＡ(Ｖ３Ｖ４)多样性及其环境意义ꎮ [结果]３个鸽粪样品共获得大约 １２ 万条有效序列ꎬ在
Ｃｕｔｏｆｆ 值为０.０３水平上进行可操作分类单元(ｏｐｅｒａｔｉｏｎａｌ ｔａｘｏｎｏｍｉｃ ｕｎｉｔꎬＯＴＵ)归类ꎬＨＰ、ＷＢ、ＨＨ分别有４ ２１５、３ ６７２ 和
２４４６个ＯＴＵ类型ꎬＳｈａｎｎｏｎ指数为５.００~６.１７ꎻＶＥＮ 图比较分析表明ꎬ３个鸽粪样品中微生物种群组成较为一致ꎬ细菌共有
１３个门、３１ 个纲、５５ 个 目、１０１ 个科和 １６４ 个属ꎬ以拟杆菌门(Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ)、变形菌门(Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ)、厚壁菌门
(Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ)为主ꎬ覆盖了 ９２％ 以上的物种数ꎮ 优势菌属为 Ｍｙｒｏｉｄｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ、
Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｈｒｉｘ、Ｏｃｅａｎｉｓｐｈａｅｒꎬ约占总类群的４８.５％~５４.６％ꎬ且鸽粪中存在 １８.１％细菌 １６Ｓ ｒＤＮＡ序列未能归类ꎮ 鸽粪中存在
大量的好氧微生物ꎬ约占总类群的５２％ꎬ然而ꎬ仅有 １１％的厌氧微生物ꎮ 此外ꎬ发现鸽粪中含有Ｍｙｒｏｉｄｅｓ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、
Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｈｒｉｘ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ５种致病性微生物菌属ꎮ [结论]鸽粪中存在高度丰富的微生物多样性ꎬ有一定的传
播禽类病原微生物的环境风险ꎮ
关键词:鸽粪ꎻ高通量测序ꎻ细菌多样性ꎻ致病性细菌
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中图分类号:Ｑ９３８.１ 文献标志码:Ａ 文章编号:１０００ ２０３０(２０１７)０１ ０１１６ ０７
Ｉｌｌｕｍｉｎａ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｏｆ １６Ｓ ｒＤＮＡ ｔａｇ ｒｅｖｅａｌｅｄ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｃｏｍｍｕｎｉｔｉｅｓ
ｉｎ ｐｉｇｅｏｎ ｆｅｃｅｓ ａｎｄ ｉｔｓ ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎ
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