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基因重組字首反轉排序問題：利用整數規劃分析
吳哲賢，侯玉松，蕭劭彥
中華大學生物資訊學系
jswu@chu.edu.tw, yshou@chu.edu.tw, chu.edu.tw
摘要 為原始序列區塊(Blocks)數目， a 為原始序列相
鄰字元 (Adjacencies)數目。其中字首反轉 x3 ，又
可以細分成四種不同類型的字首反轉： x31 、x32 、
基因重組字首反轉排序問題，又稱為煎餅
x 及 x 。
反轉問題，目的在找出由一組原始基因反轉排 33 34
序至完全基因序列所需最少反轉次數，此問題 Max z x 1 + x 2 + 4x3 + x 4 + 2x5 + x 7
最佳解目前仍為 Open Problem 。假設序列長度 s.t.
為 n ，Gates 及 Papadimitriou 利用線性規劃提 b x - x - x - 2x - x - x 1,
1 31 33 34 5 7
出反轉次數上限值為(5n+5)/3 ，但反轉次數應該 n - 1 ax 1 + x 2 + 2x 31 + 3x32 + 3x33 + 3x34 + x 4 + x 5 + x 7 ,
為整數而非實數，因此線性規劃分析方法是錯
x 3 x 31 + x 32 + x 33 + x 34 ,
誤的。本論文針對此問題，利用整數規劃方法，
重新推導並更新基因重組字首反轉排序次數， b a.
當 n 為 3k ，3k+1 以及 3k+2 ， k∈Z ，整數上限 把 b ≦a代入第二個限制式，列式修正為：
值分別為 5k+1 ，5k+3 以及 5k+5 。
Max z x + x + 4x + x + 2x + x
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