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2017-07-21 发布于河南
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消化场和保护基地.doc

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消化场和保护基地

引物（包括保护碱基和酶切位点）以A开头，以CG结束（李旭同学说以T结束最好） 3’以CG结束，最好不是密码子第三位终止密码子有三个！！！UAA，UGA，UAG 反过来就是：CTA TCA TTA (5’-3’) 除Met外，第一个氨基酸不能是 bulky AA: Phe, Tyr, Trp, Lys, His, Arg F Y W K H R 加入酶切位点的时候注意避免移码保证stop codon 是有效的从全基因组调序列时引物应长一些 Tm值在55-65之间 (Tm = 2*(AT) + 4*(GC)) 长度25以上有必要时可丢弃前几个非跨膜区的氨基酸以保护碱基调节GC含量 Stop Codon 统一用UGA PCR设计引物时酶切位点的保护 /3953641.html 酶寡核苷酸序列切割率% 2 hr 20 hr Acc I GGTCGACC CGGTCGACCG CCGGTCGACCGG 0 0 0 0 0 0 Afl III CACATGTG CCACATGTGG CCCACATGTGGG 0 90 90 0 90 90 Asc I GGCGCGCC AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAA 90 90 90 90 90 90 Ava I CCCCGGGG CCCCCGGGGG TCCCCCGGGGGA 50 90 90 90 90 90 BamH I CGGATCCG CGGGATCCCG CGCGGATCCGCG 10 90 90 25 90 90 Bgl II CAGATCTG GAAGATCTTC GGAAGATCTTCC 0 75 25 0 90 90 BssH II GGCGCGCC AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAA 0 0 50 0 0 90 BstE II GGGT(A/T)ACCC 0 10 BstX I AACTGCAGAACCAATGCATTGG AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT 0 25 25 0 50 90 Cla I CATCGATG GATCGATC CCATCGATGG CCCATCGATGGG 0 0 90 50 0 0 90 50 EcoR I GGAATTCC CGGAATTCCG CCGGAATTCCGG 90 90 90 90 90 90 Hae III GGGGCCCC AGCGGCCGCT TTGCGGCCGCAA 90 90 90 90 90 90 Hind III CAAGCTTG CCAAGCTTGG CCCAAGCTTGGG 0 0 10 0 0 75 Kpn I GGGTACCC GGGGTACCCC CGGGGTACCCCG 0 90 90 0 90 90 Mlu I GACGCGTC CGACGCGTCG 0 25 0 50 Nco I CCCATGGG CATGCCATGGCATG 0 50 0 75 Nde I CCATATGG CCCATATGGG CGCCATATGGCG GGGTTTCATATGAAACCC GGAATTCCATATGGAATTCC GGGAATTCCATATGGAATTCCC 0 0 0 0 75 75 0 0 0 0 90 90 Nhe I GGCTAGCC CGGCTAGCCG CTAGCTAGCTAG 0 10 10 0 25 50 Not I TTGCGGCCGCAA ATTTGCGGCCGCTTTA AAATATGCGGCCGCTATAAA ATAAGAATGCGGCCGCTAAACTAT AAGGAAAAAAGCGGCCGCAAAAGGAAAA 0 10 10 25 25 0 10 10 90 90 Nsi I TGCATGCATGCA CCAATGCATTGGTTCTGCAGTT 10 90 90 90 Pac I TTAATTAA GTTAATTAAC CCTTAATTAAGG 0 0 0 0 25 90 Pme I GTTTAAAC GGTTTAAACC GGGTTTAAACCC AGCTTTGTTTAAACGGCGCGCCGG 0 0 0 75 0 25 50 90 Pst I GCTGCAGC TGCACTGCAGTGCA AACTGCAGAACCAATGCATTGG AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA