水稻基因组中一类具有潜在转座活性的.PDFVIP

生 物 化 学 与 生 物 物 理 学 报 ISSN ACTA BIOCHIMICA et BIOPHYSICA SINICA 2001 , 33 (2) : 158 - 162 CN 311300/ Q 水稻基因组中一类具有潜在转座活性的 SoloL TR 的结构分析和鉴定 周 　波 　陈泽华 　韩 　斌 　洪国藩 ( 中国科学院国家基因研究中心, 上海 200233 ) 摘要 　　在水稻 4 号染色体两个BAC 克隆序列分析中 , 发现了两个 soloL TR , 分别命名为 SL T R 1 和 SL T R 2 。它 们分别位于水稻 18 S rRNA 基因和一逆转座子内部。序列比较发现 , SL T R 1 和 SL T R 2 存在着较高的同源性 , 并 与水稻逆转座子 RIR E8 的L TR 序列高度同源 , 分别为 89. 1 %和 70. 1 % , 它们属于一类水稻 gypsy 类型逆转座 子。利用 SL T R 1 和 SL T R 2 与水稻 DNA 杂交 , 结果显示两者广泛分布于水稻基因组中 , 是一类高拷贝重复序列。 分别利用 SL T R 1 和 SL T R 2 的两侧特异性序列设计引物进行 PCR 扩增 , 结果发现在基因组的相应位置并不存在 SL T R 1 或 SL T R 2 ; 利用它们两侧被打断基因的特异性片段杂交基因组 DNA , 得到了同样的的结果。这意味着 , SL T R 1 和 SL T R 2 来源于基因组的其它位置 , 并通过某种转座的过程进入 18 S rRNA 基因和另一逆转座子内部。 SoloL TR 存在着这种潜在的转座活性 , 对于进一步研究 soloL TR 的来源以及其在基因组进化和基因的表达调控 中具有一定的意义。 关键词 　　水稻 ; soloL TR ; 逆转座子 　　SoloL TR (long terminal repeat ) 广泛分布于动 ( ) 1 　材料和方法 Materials and Methods 植物基因组中 , 是组成基因组的一类重要的重复序 1 . 1 　材料 列。在分类上 , soloL TR 属于转座子一类[1～3 ] 。So ( 1. 1. 1 　稻种及 BAC 克隆 　　籼稻 O ryz a sativa loL TR 虽然大小不等 , 但都具有共同的结构特征 : indica) 广陆矮 4 号稻种由中国水稻研究所提供 , 实 ( ) ( 1 序列两端为一倒转重复 terminal inverted re 验中用到的 BAC 克隆均来自本实验室的 BAC 文 peat , TIR) ; (2) 序列两侧存在一 4～9 bp 的正向重 库。 ( ) ( ) 复序列 target direct sequence , TDS ; 3 序列内含 1. 1. 2 　酶类 , 试剂盒 　　各种限制性内切酶和修 有一个长度为 20～30 bp 的多聚嘧啶[4 ] 。SoloL TR 饰酶购自 Boehringer Mannheim 。PCR 扩增系统购 没有逆转座子的蛋白质编码区域 , 一般认为它们是 自 Ta KaRa 公司 , 测序试剂盒 BigDye 购自 PE 公 通过逆转座子的不对称重组形成的[5 ,6 ] 。SoloL TR 司 , ECL 标记试剂盒购自 Amersham pharmac