07种畜的遗传评估（三）：BLUP育种值估计 - 四川农业大学精品课程.PPT

/jcyzx/index.htm 个体间加性遗传相关矩阵的计算 个体间加性遗传相关矩阵逆矩阵的计算 构建 ： /jcyzx/index.htm 个体间加性遗传相关矩阵逆矩阵的计算 构建对角矩阵： 令： /jcyzx/index.htm /jcyzx/index.htm 构建线性模型 根据资料性质，可对种猪达100kg日龄写出如下动物模型： 用矩阵形式表示，则对于该资料有： /jcyzx/index.htm 构建混合模型方程组 因此有： 求解混合模型方程组有： /jcyzx/index.htm /jcyzx/index.htm 两性状动物模型BLUP法育种值估计 某种猪场有如下种猪性能测定资料，测定性状为达100 kg日龄和达100kg背膘 ，试以两个性状资料进行个体育种值估计。 种猪达100kg日龄和达100kg背膘厚测定记录 猪场 个体 父亲 母亲 达100kg日龄(d) 达100kg背膘厚（mm） 1 1 — — 140 13 1 2 — — 152 14 1 3 1 — 135 12 2 4 1 2 143 13 2 5 3 2 160 16 /jcyzx/index.htm 根据资料性质，可对种猪达100kg日龄和达100kg背膘厚写出如下动物模型： 是第 性状，第 猪场，第 个体的观测值 是第 性状，第 猪场的效应 是第 性状，第 个体的育种值 是随机残差 猪两个性状的表型、遗传参数和经济加权值 （表中右边2项的右上角为表型相关，左下角为遗传相关） 性状 单位 达100kg日龄（ ） d -0.6 0.33 225 — 0.55 达100kg背膘厚（ ） mm -0.8 0.50 1.44 0.45 — 因为所有个体两个性状都有记录，因此有 /jcyzx/index.htm /jcyzx/index.htm 加性遗传相关矩阵的逆矩阵（单性状例子获得）： /jcyzx/index.htm 由遗传参数表可计算出性状间的遗传和误差方差及协方差为： 逆矩阵为： /jcyzx/index.htm 混合模型方程组： /jcyzx/index.htm 方程组的解为： 综合育种值为： /jcyzx/index.htm 如果说模型是BLUP法的关键，那么，计算问题则是BLUP法的难点。从前面例子我们可以看出，仅仅5个个体两个性状就产生很大的方程组，而对于猪、鸡等畜禽在BLUP法中所涉及的线性方程组是非常大的，对一些跨群（场）的遗传评定，方程组个数可达几万至几十万，如此大数量的方程组用手工计算是根本不可能的 。 近年来，世界各国育种学家在BLUP法的计算问题上做了大量的工作，已开发出相应的电脑软件，如国外的PEST 和国内的NETPIG。下面对一些常用的遗传评估软件进行介绍。 第七节 BLUP育种值估计软件 /jcyzx/index.htm PEST PEST是由美国Illinois大学的Groeneveld、Kovac和Wang（1990）开发研制的多性状遗传评估软件，其英文全文名为（Multivariate Prediction and ESTimation，目前已在世界各国广泛应用。 根据性能测定和生产数据，PEST提供了基于30多种数学模型的单性状或多性状BLUP育种值的计算，包括固定模型、个体动物模型、公畜模型、公畜—母畜模型和外祖父模型等 。为了满足实际育种的需要，系统还提供了可自行定义性状、修改模型和设定参数的余地。PEST可以在不同的操作系统下运行。 /jcyzx/index.htm PIGBLUP PIGBLUP软件是由澳大利亚New England大学编写的，在1989发行了第一版，从那时起版本不断更新，到目前为止，最新的版本5.10已发展成为WINDOWS界面操作 PIGBLUP是一种专为育种猪场设计使用的现代遗传评估系统，PIGBLUP主要包含种猪评估、遗传进展分析、选配和遗传审计四个模块 目前，PIGBLUP已国际化，正在多个国家使用 GBS GBS是“猪场生产管理与育种数据分析系统”的英文缩写，是中国农业大学动物科学技术学院GBS软件创作小组开发研制的系统软件。 GBS是中文WINDOWS95/WINDOWNT下的管理信息系统。它集种猪、商品猪生产和育种数据的采集与分析于一体，十分适合大型种猪生产集团使用，并支持联合育种方案 /jcyzx/index.htm NETPIG NETPIG（种猪场网络管理系统）是四川农业大学动物科技学院和重庆市养猪科学研究院（系统指导：李学伟、王金勇；程序设计：徐顺来）联合研制开发WINGDOWS