利用目标基因捕获结合第二代测序技术发现腹主 - 中国动脉硬化杂志.pdf

CN43鄄1262/ R摇 中国动脉硬化杂志2015年第23卷第2期 153 [文章编号]摇 1007鄄3949(2015)23鄄02鄄0153鄄03 ·临床研究 · 利用目标基因捕获结合第二代测序技术发现 腹主动脉瘤致病基因突变 郭俊,蔡 伦,李小燕,王绿娅,杜 杰 (首都医科大学附属北京安贞医院北京市心肺血管疾病研究所 心血管重塑相关疾病教育部重点实验室,北京市 100029) [关键词]摇 腹主动脉瘤;摇 原纤维蛋白1;摇 目标基因捕获;摇 第二代测序 [摘摇 要]摇 目的摇 建立目标基因捕获结合第二代测序技术对腹主动脉瘤患者原纤维蛋白1(FBN1)基因进行突变 筛查,探讨腹主动脉瘤与FBN1基因突变的关系。 方法摇 提取4 例腹主动脉瘤患者外周血全基因组DNA,利用 GenCap 目标基因捕获技术,设计FBN1的65 个外显子区域特异性捕获探针,与基因组DNA 文库进行杂交,将目标 基因组区域的DNA 片段进行富集后,再利用Illumina HiSeq2000 第二代测序仪进行测序,通过数据分析,确定突变 位点,用Sanger测序法对突变位点进行验证。 结果摇 设计合成的目标基因特异性捕获探针可有效地捕捉并富集基 因组DNA 的目标靶片段。 4例患者目标区域平均测序深度为448郾15 ~536郾61,99郾5% ~99郾7% 目标区域覆盖度。 经过数据分析及Sanger测序验证发现1个新的错义突变c郾2753 CG(p郾Pro918Arg),dbSNP137数据库、千人基因 组及内部800 名正常汉族人数据库均无此突变。 经SIFT预测为有害突变。 结论摇 本研究所建立的GenCap 目标基 因捕获技术结合Illumina HiSeq2000 第二代测序技术成功地发现了FBN1的新突变。 该方法快速而有效,对腹主动 脉瘤分子病因学有更好的认识。 [中图分类号]摇 R5 [文献标识码]摇 A Targeted Gene Capture and Next鄄generation Sequencing in Abdominal Aortic Aneu鄄 rysm Identifies Mutations in Disease鄄causing Gene GUOJun,CAI Lun,LI Xiao鄄Yan,WANG Lv鄄Ya,and DUJie (BeijingAnzhenHospitalAffiliatedto CapitalMedical University BeijingInstituteof Heart,Lung andBlood VesselDiseases Key Laboratory of Remodeling鄄related Cardiovascular Diseases of Ministry of Education,Beijing 100029,China) [KEY WORDS]摇 Abdominal Aortic Aneurysm;摇 Fibrillin鄄1;摇 Targeted Gene Capture;摇 Next鄄generation Sequencing [ABSTRACT]摇 摇 Aim摇 To develop anapproachbasedontargetedgenecaptureandnext鄄generation sequencingtodeter鄄 minethe genetic defects inpatientswith abdominal aortic aneurysmprecisely and effectively and confirmtheroleof fibrillin鄄 1 (FBN1) in the pathogenesis of abdominal aortic aneurysm.摇 摇 Methods摇 We analyzed four