介绍一款可以自动识别基因类型的序列比对软件Muscle.PDF

介绍一款可以自动识别基因类型的序列比 对软件Muscle 熊荣川 xiongrongchuan@126.com 通常我们对比的基因序列有两大类型：编码基因序列以及非编码基因序列。也正因为这样我 们基因比对的策略是不一样的：前者比对的基本单位是密码子，序列长度以及空格的长度都 必须是3 的倍数，这样才有生物学意义同时也是对基因序列进行后续分析的必须要求；后者 由于是非编码基因，所以比对的基本单位就是核苷酸。 我们常用的序列比对软件clustalW 通常用来比对非编基因，我们之前也介绍过Mega5 相较 于Mega4 的新功能之一就是可以进行基于密码子的基因序列比对。 下面我们介绍一款可以自动识别不同类型基因序列，并自动按照相应规则进行比对的软件 Muscle.exe 首先我们使用一个非编码基因 （16S rDNA）进行模拟演示 序列文件 16S34.fas 和Muscle.exe 放在同一个文件夹中。然后，在该文件夹中用记事本创建 一个bat 格式文件bear.bat，这个文件相当PAML 中control 文件（以后我们会专题介绍）。 输入 muscle -in 16S34.fas -out seqs.afa 后保存 其中-in 16S34.fas 表示我们的输入序列文件为16S34.fas -out seqs.afa 表示将产生一个比对后的序列文件seqs.afa 这时候文件夹中有了3 个文件 双击bear.bat 文件开始比对 很快就能比对完成，并生成文件seqs.afa，可以将后缀名改为fasta 格式查看，即seqs.fasta. 接下来我们来对比一个功能基因序列 方法同上，对比结果如下