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质谱数据分析
;复习;;;蛋白质组学研究的目标;;;Ionization methods;;MALDI m/z spectrum of a peptide mixture;The Quadrupole;;Collects and store ions in order to perform MS-MS analyses on them.;*;;蛋白质组学研究的目标;Top-down proteomics;;多肽质量纹鉴定;多肽质量纹鉴定;蛋白序列数据库;Protein sequence database;Uniprot（包含Swissprot和Tremble）;Integr8;FASTA格式的数据库;虚拟酶解;质量排列;肽和肽键;质量排列;质量纹;质量纹;PMF中的问题;质量相近的多肽;解决方案;多匹配;长蛋白和短蛋白;多个蛋白的情况;多肽质量纹：小结;蛋白质组学研究的目标;利用二级质谱图;;;;利用二级质谱图;典型二级质谱图;转换成MGF文件;母离子的碎裂过程;;b1;*;小练习;答案;一些常见的其它离子;;;Neutral Loss和Immonium Ions表;;多肽的修饰;Unimod;小练习2;答案;其它可能的离子;理论质谱图与实验质谱图;通过de novo方法手工鉴定以下二级质谱图代表的多肽序列;九步鉴定法;九步鉴定法;*;b2??子的m/z表;手工鉴定二级质谱图;鉴定;鉴定;鉴定;De novo Sequencing;鉴定多肽的流程;二级质谱图的数据库检索算法;数据库搜索的思路;数据库搜索的流程;数据库搜索的流程;;这张谱图质量如何？;还不错的匹配？;同一张质谱图，不同的PSM;评价标准;随机匹配;MASCOT score;*;如何理解MASCOT score;其它的打分方式;SEQUEST;匹配的假阳性率;发表蛋白质组学数据必须报告FDR;为什么FDR如此重要？;采用反相数据库法估计FDR;采用反相数据库法估计FDR;数据库搜索：小结;小练习3 一次实验共鉴定到了13个多肽，蛋白A-J包含这些多肽序列，请问样品中包含哪些蛋白;;Protein inference problem in shotgun proteomics;Protein isoforms are usually not distinguishable;奥卡姆剃刀原理;;Usually，proteins are reported in groups and families;蛋白鉴定的可信度;蛋白质鉴定：小结;不同搜索引擎的比较;合并多个软件的结果可获得更多的鉴定;蛋白质组学研究的目标;多肽的修饰;固定修饰和可变修饰;数据库检索方法鉴定可变修饰;;Mascot result;*;增加可变修饰的代价;另一种策略;翻译后修饰的位点;磷酸化位点是T1还是T3？;;Still not be sure;Search for known sites;*;小结;参考资料;Take-home message of this course;思考题;思考题;谢谢大家！
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