生物大分子多尺度理论和计算方法李文飞张建王骏王炜-物理学报.PDF

生物大分子多尺度理论和计算方法 李文飞 张建 王骏 王炜 Multiscaletheoryandcomputationalmethodforbiomolecule simulations LiWen-Fei ZhangJian WangJun WangWei 引用信息Citation: ActaPhysicaSinica, ,098701(2015) DOI: 10.7498/aps.64.098701 在线阅读Viewonline: /10.7498/aps.64.098701 当期内容Viewtableofcontents: /CN/Y2015/V64/I9 您可能感兴趣的其他文章 Articles youmaybeinterestedin 基于改进的符号转移熵的心脑电信号耦合研究 Coupling analysis of electrocardiogram and electroencephalogram based on improved symbolic transfer entropy 物理学报.2013,62(23): 238701 /10.7498/aps.62.238701 系统规模对群体行为的效果 Effectsofsystemsizeonpopulationbehavior 物理学报.2013,62(11): 118701 /10.7498/aps.62.118701 物理学报 Acta Phys. Sin. Vol. 64, No. 9 (2015) 098701 专题: 庆祝南京大学物理学科成立100周年 生物大分子多尺度理论和计算方法 李文飞 张建 王骏 王炜 (南京大学物理学院, 固体微结构国家实验室, 南京 210093) (人工微结构科学与技术协同创新中心, 南京 210093) ( 2015 年1 月19 日收到; 2015 年3 月5 日收到修改稿) 分子模拟是研究生物大分子的重要手段. 过去二十年来, 人们将分子模拟与实验研究相结合, 揭示出生 物大分子结构和动力学方面的诸多重要性质. 传统分子模拟主要采用全原子分子模型或各种粗粒化的分子模 型. 在实际应用中, 传统分子模拟方法通常存在精度或效率瓶颈, 一定程度上限制了其应用范围. 近年来, 多 尺度分子模型越来越受到人们的关注. 多尺度分子模型基于统计力学原理, 将全原子模型和粗粒化模型相耦 合, 有望克服传统分子模拟方法中的精度/效率瓶颈, 进而拓展分子模拟在生物大分子研究中的应用范围. 根 据模型之间的耦合方式, 近年来发展起来的多尺度分子模拟方法可归纳为如下四种类型: 混合分辨多尺度模 型、并行耦合多尺度模型、单向耦合多尺度模型、以及自学习多尺度模型. 本文将对上述四类多尺度模型做简 要介绍, 并讨论其主要优缺点、应用范围以及进一步发展方向. 关键词: 生物大分子, 多尺度模型, 分子模拟, 粗粒化 PACS: 87.15.ap, 87.15.Cc, 87.18.–h, 87.16.A– DOI: 10.7498/aps.64.098701 天然态结构的高分辨原子位置信息, 但通常不能直 1 引 言 接提供分子功能运动的动态信息. 相反地, 以光谱 学技术为代表的各种生物物理方法以及单分子实 蛋白质、核酸等生物大分子主要通过多个尺 验技术能够给出分子功能运动的动态信息56 , 却 度上的相互作用和构象涨落运动行使其生物学功 很难同时提供功能运动过程中高分辨的原子位置 1 能 . 例如, 各种与ATP 水解相关的蛋白质分子 等结构信息. 这些实验上的困难和局限性很大程度 2 3