基于生物发生律的后生生物微RNA家族缘起与进化分析.docVIP

　　基于生物发生律的后生生物微RNA家族缘起与进化分析 n-14基因的表达。如果lin-4基因有了缺失，就会导致线虫在发育时从L1期转化成L2期的障碍[1]。转眼到了 2000年，第二个微RNA: let-7被发现。与lin-4很相似，let-7与lin-41基因的3 -UTR端互补并抑制其蛋白表达[2]。Let-7的序列和表达模式在人和多种生物体内都比较保守,这种现象就暗示了微RNA的这种调控行为很有可能是一种普遍的调控模式。从此以后，微RNA在基因表达调控领域中的重要作用才被人们所逐渐认知和重视。后续的研究逐渐揭幵了微RNA那神秘的面纱。微RNA (microRNA)，是一类核苷酸长度约为22的内源性非编码RNA分子。其工作的主要方式就是通过干扰信使RNA (mRNA)翻译合成蛋白质的过程，从负面调控蛋白质编码基因的表达，进一步使生命表达过程多样化、复杂化。在分子层面：微RNA通过与革巴标信使RNA分子的3 -UTR区完全或部分的互补结合，可以有效地抑制相关蛋白质的合成，可以导致祀信使RNA的降解从而产生基因沉默效应（RNAi)。很多的研究都发现，微RNA很有可能就是在基因表达调控过程中转录后调控的中心分子。随着实验研究的深入，我们己经在包括植物、动物、病毒和藻类等多个生物体内发现了微RNA的存在。目前的研究表明：微RNA作为基因调控作用的微观管理者（micro-manager)可能存在于所有多细胞生命中并也很有可能存在于部分单细胞生命中[3]。 1.1.1徼RNA的生物发生微 RNA在生物体中的发生步骤分为很多步。如图1.2所示，以动物为例，大多数的微RNA通过RNA聚合酶II [4], 一小部分通过RNA聚合酶III转录形成长度为几百到几千个核苷酸的初级转录本（primary miRNA/pri-miRNA) [5]。形成的初级转录本的5端大多具有7-甲基鸟噴呤的帽子结构，而3端具有多聚腺苷酸结构[6]。在细胞核中，初级转录本在辅助因子DGCR8的作用下被Drosha核酸酶加工为长度约为60-80 nt的非完全互补莲环结构，即：前体微RNA(precursor miRNA/ pre-miRNA) [7][8]。前体微 RNA 在辅助因子 Ran 参与下，与细胞膜转运蛋白Exportin-5相结合，在GTP水解提供能量的条件下[9-11]从细胞核中转移至细胞质中。接下来的过程就在细胞质中，前体微RNA在Dicer核酸酶和辅助因子TRBP的作用下，进一步被分割成18-24nt长度大小的双链微RNA分子其后，该双链分子中的一条或者两条同时作为成熟的微RNA分子与蛋白质进行结合，进一步形成了核糖核蛋白复合体miRNP(或被称为RNA诱导沉默复合体 RNA Induced Silence plex, RISC) [14][15]。在这之后，微RNA部分会与祀基因转录的信使RNA的3 -UTR端进行互补配对，从而产生基因表达调控效应[16]。至于植物体内，稍有不同的地方时微RNA的加工过程主要集中在细胞核中进行[17],前体微RNA在细胞核中由Dicer相似蛋白(Dicer-like protein, DCLl)和其他的诸如HYL1的蛋白共同参与下加工成前体微RNA，并进一步被DCL1加工为微RNA-星链微RNA双链复合体(miRNA-miRNA*),再被HEN1蛋白甲基化后被HASTY蛋白转运至细胞质中。其后，由解旋酶加工成微RNA成体并完成相似过程[18][19]。 第二章生物发生律学说及其在生物系统发生研究上的优势 2.1何为生物发生律 与常规的分析方法比较，这种依靠生物发生律方法的微RNA家族起源、进化研究方式比较新颖。它避免了常规方法对数据完整性和数学建模方法的强烈依赖。同时，这种方法避免了一定程度门外汉的问题：依靠较强的生物学背景研究生物学问题。毕竟，作为新兴的交叉科学，数学与生物学的交流目前显得依然需要长期的融合和发展。依赖单纯数学建模来解决生物学问题在目前还存在着尺度和沟通上的较大的问题。生命是复杂的，生物学的尺度相较于数学或者计算科学来说依然是亟需整合和沟通的。本研究通过依靠一般的数学计算得出较为满足的结果，并依靠生物学专业知识进一步深化、解决问题，结果处理上显得比较简单和更令人接受。之前已经定义了何为微RNA家族。在这里，就简单讲述一下何为组织、胚层特异性微RNA (家族）的问题。某些组织或者器官往往在表达量上面相对于其他的组织或器官高表达一些微RNA，或者说：某些微RNA在特定的组织或者器官中有显著的高表达量/表达效果。不仅仅是正常的组织和器官是这种现象，病变的组织和器官也会出现某些微RNA的表达量的明显变化。在本文中所提的组织、器官特异性微RNA家族指的是在某个正常组织中显著高表达的微RNA (家族）。而胚