cupriavidus campinensis bj71 菌株2, 4－d 降解基因tfda 生物信息 .pdfVIP

基因组学与应用生物学，2014 年， 第33 卷，第3 期，第478-486页 Genomics and Applied Biology, 2014, Vol.33, No.3, 478-486 研究论文 Research Article Cupriavidus campinensis BJ71 菌株2, 4-D降解基因tfdA 生物信息学分析 1,2 2,3 1,2,3* 韩丽珍 李翠翠 赵德刚 1 贵州大学绿色农药与农业生物工程国家重点实验室培育基地, 贵阳, 550025; 2 贵州大学生命科学学院山地植物保护与种质创新省部共建教 育部重点实验室, 贵阳, 550025; 3 贵州大学贵州省农业生物工程重点实验室, 贵阳, 550025 * 通讯作者, dgzhao@ 摘 要 本文以2,4-二氯苯氧乙酸高效降解菌 BJ71 菌株中克隆的 基因全序 Cupriavidus campinensis tfdA 列为研究对象，利用生物信息学方法分析该基因及其推测出的编码蛋白理化性质、蛋白的亲水性或疏水性及 亚细胞定位、预测信号肽、跨膜结构域、蛋白二级结构及模体、三级结构等特性。结果表明，BJ71 菌株的tfdA 基因开放阅读框全长864 bp，系统发育树表明其属于 族 基因。TfdA 蛋白包含287 个氨基酸，分子量 Ⅰ tfdA 为32 kD、理论等电点为6.01，是一种不含信号肽、定位于细胞质中的可溶性亲水蛋白。α 螺旋和无规卷曲是 该蛋白主要的二级结构元件。用RaptorX 进行三级结构建模、Ramachandran 评估显示获得了合理可靠的 TfdA 蛋白结构模型。 关键词 2,4-D降解基因, tfdA, 系统发育树, 生物信息学分析 Bioinformatics Analysis of 2, 4-D-Degrading GenetfdA of Cupriavidus campinensis BJ71 Han Lizhen 1,2 Li Cuicui 2,3 Zhao Degang 1,2,3* 1 Key Laboratory of Green Pesticide and Agricultural Bioengineering, Ministry of Education, Guiyang, 550025; 2 Key Laboratory of Plant Resources Conservation and Germplasm Innovation in Mountainous Region (Guizhou University), Ministry of Education, College of Life Sciences, Guizhou Uni- versity, Guiyang, 550025; 3 Guizhou Key Lab of Agro-Bioengineering, Guizhou University, Guiyang, 550025 * Corresponding author, dgzhao@ DOI: 10.13417/j.gab.033.000478 Abstract Nucleotide and deduced amino acid sequence of tfdA gene, which cloned from an effective 2,4-D-de- grading bacteria strain BJ71 identified as Cupriavidus campinensis, were assessed by using bioinformatic methods, which including analysis of physical and chemical characteristics, hydrophobicity or hydrophilicity, and subcell