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第21卷第 2期 海南师范大学学报 (自然科学版) Vo1．21 No．2
2008年6月 Journal of Hainan Normal University(Natural Science) Jun．2008
生物信息学中两条DNA序列比对的计数
刘 兵，李大超
(海南师范大学数学系，海南海口571158)
摘 要：应用组合数学的技巧研究了两个序列比对的计数问题．根据已知两个长度分别为
、 m的DNA序列比对的递归公式．利用发生函数求出了两序列比对数的表达式．
关键词：生物信息学；序列比对；递归公式；发生函数
中图分类号：0 157 文献标识码：A 文章编号：1671—8747(2008)02—0139—04
在生物信息中序列比对是最重要、最常用的原始操作。是许多其他更复杂操作的基础．序列的比对是
将两条或多条核酸序列或蛋白质序列进行对比．用它们之间的相似程度来研究序列间的功能和结构的相
似性以及生物进化史．通过序列对比的研究。科学地证实了黑猩猩和人有最近的共同祖先；鸟的翅膀和蝙
蝠的翅膀都是独立进化而来的．这些实例已经说明了序列比对的作用是相当大的．本文主要研究了两条
DNA序列的比对计数问题．
计数问题在生物信息学中应用广泛．如RNA的计数问题 等。而序列比对是生物信息学中进行序列
分析的一个常用工具，通过序列比对可以探索生物序列中包含的功能、结构、控制和进化信息[3]，序列比对
计数问题就成为生物信息学中的一个重要问题．本文给出了序列比对的简要组合处理，生物学提出了比对
序列的动机。估计序列比对个数则成为数学任务．这个结果在负面意义上对生物学有用：它肯定了存在巨
大数量的比对。并且直接枚举是没有希望的．
1 基于动态规划方法的序列比对介绍
设a=a1a2… 和b=blb …bm是两个长分别为n和m的序列．比对的一种方法是当空元素“一”插入
序列时，产生一个比对，插入“一”的目的是使新的序列有相同的长度 ．然后写出两个序列，一个在另一个
上面．当插入“一”时，口=口 a2… 变为口=口 …aL ，而b=b b …bm变为b =6 6 ·6：．口 和b 的非 “一”
元素的子序列是原来的序列．比对是
● ● ● ●
a a1 a2… ’
b =b1 b2…b ．
为了弄清楚这个过程。设a=TATFCG和b=rrIT兀GC．为得到一个比对，在众多的可能之中考虑a‘=
一 TA1TrCG一和b =Ⅲ 一GC．则由上述描述可知，b1=T，b6=“一”以及b7=G，而b1=T，b6=G．b7=
C．比对写成
a =一TATTCG一 ．
b ：rrI1_IT—GC．
收稿日期：2008-01-20
基金项目：海南省自然科学基金项目(807052)
140 海南师范大学学报(自然科学版) 2008年
这里， = 与b：=T匹配形成一个等同， =A与 = 形成一个失配．本文的核心问题就是有多少种
方法将口与b比对．不允许两个“一’’相匹配，因为这样没有任何可比的意义． 因此显然有ma】【In，m】≤三≤
+m．L= +m的情况是
“1“2… … ‘一
… · 一 b1 b2…b
由组合数学知识易知，两个序列比对以下列三种方式之一结束． 即
…
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