药物转录组学.PPT

三者比较 芯片无法同时大量地分析组织或细胞内基因组表达的状况，而且由于芯片技术需要准备基因探针，所以可能漏掉那些未知的、表达丰度不高的、可能是很重要的调节基因。SAGE是近年来发展的以测序为基础的分析特定组织或细胞类型中基因群体表达状态的一项技术。其显著特点是快速高效地、接近完整地获得基因组的表达信息。SAGE可以定量分析已知基因及未知基因表达情况，在疾病组织、癌细胞等差异表达谱的研究中，SAGE可以帮助获得完整转录组学图谱、发现新的基因及其功能、作用机制和通路等信息。 MPSS是对SAGE的改进，它能在短时间内检测细胞或组织内全部基因的表达情况，是功能基因组研究的有效工具。因其需要配套的软硬件较为昂贵，目前国内外的相关应用报道不多。MPSS技术对于致病基因的识别、揭示基因在疾病中的作用、分析药物的药效等都非常有价值，该技术的发展将在基因组功能方面及其相关领域研究中发挥巨大的作用。 4.RNA测序技术 RNA-seq即转录组测序技术，就是把mRNA,smallRNA,and NONcoding RNA等或者其中一些用高通量测序技术把它们的序列测出来。反映出它们的表达水平。 优点：（1）避免亚克隆引入的偏差； （2）测定序列更长更精确； （3）可得到转录可变剪接序列； （4）准确检测低表达基因，定量转录水平。 （三）转录组学的意义 以DNA为模板合成RNA的转录过程是基因表达的第一步，也是基因表达调控的关键环节。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。通过测序技术揭示造成差异的情况，已是目前最常用的手段。 第二节转录组学在药学中的应用 一、药靶候选基因的鉴定 药物靶标是指体内具有药效功能并能被药物作用的生物大分子，如某些蛋白质和核酸等生物大分子。那些编码靶标蛋白的基因也被称为靶标基因。事先确定靶向特定疾病有关的靶标分子是现代新药开发的基础。 发现药物靶标的途径 有效单体化合物 基因表达差异 蛋白质表达差异 蛋白质相互作用等 基因表达和疾病发生发展有时间空间差异 二、反义药物和siRNA药物 （一）反义药物 　反义技术(antisense technology)是通过碱基互补原理，干扰基因的解旋、复制、转录、mRNA的剪接加工乃至输出和翻译等各个环节，从而调节细胞的生长、分化等。 根据结合部位的不同分为反义DNA（asDNA）、反义RNA（asRNA）、自催化性核酶（ribozyme）。 根据反义RNA的作用机制可将其分为3类： Ⅰ类反义RNA直接作用于靶mRNA的S D序列和(或)部分编码区，直接抑制翻译，或与靶mRNA结合形成双链RNA，从而易被RNA酶Ⅲ 降解； Ⅱ类反义RNA与mRNA的非编码区结合，引起mRNA构象变化，抑制翻译； Ⅲ类反义RNA则直接抑制靶mRNA的转录。 反义DNA是指能与靶DNA或靶RNA互补结合的短小DNA分子，主要指反义寡核苷酸。 核酶(ribozyme)是具有酶活性的RNA，主要参加RNA的加工与成熟。天然核酶可分为四类： (1)异体催化剪切型，如RNaseP； (2)自体催化的剪切型，如植物类病毒、拟病毒和卫星RNA； (3)第一组内含子自我剪接型，如四膜虫大核26SrRNA； (4)第二组内含子自我剪接型。 反义药物 通常指反义寡核苷酸(ODNs), 即其核苷酸序列可与靶mRNA或靶DNA互补, 抑制或封闭基因的转换和表达,或诱导RnaseH 识别或切割mRNA, 使其丧失功能。 反义药物与传统药物的性质和作用对象明显不同 表现为: 　　 1、新的化学物质-核酸； 　　 2、新的药物受体-mRNA，DNA； 　　 3、新的受体结合方式-Watson-Crick杂交； 　　 4、新的药物受体结合后反应-如RNase H介导的靶RNA的降解。 反义药物与传统药物相比具有以下优点： 　　 1、特异性较强。一个15聚体的反义寡核苷酸含有30-45氢键，而低分子的传统药物（200-600u）与靶点一般只形成1-4个键； 　　 2、信息量较大。遗传信息从DNA-RNA-蛋白质，用互补寡核苷酸阻断某种蛋白的合成是很准确的； 　　 3、反义药物以核酸为靶点，与蛋白质作为靶点比较，更易合理设计新药物。 4、比传统药物更具选择性及效率，副作用可能更少。 （二）siRNA药物 小干扰RNA（Small interfering RNA；siRNA）是一个长21到25个核苷酸的双股RNA，可以阻断异常蛋白的产生。 RNA干扰（RNA interference, RNAi）是由同源双链RNA（dsRNA）诱导序列特异的目标基因沉寂，阻断基因活性的现象。 病毒基