垂直电离能.docVIP

垂直电离能：只优化分子的结构；离子的结构与分子的结构一致直接计算能量然后相减。绝热电离能：离子，分子分别优化结构后能量相减。 【原创】AutoDock使用笔记总结－原创始发★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ vzhang77(金币+3,VIP+0):多谢发布好资源！：）bloveocean(金币+10,VIP+0):鼓励原创，希望继续发布好的心得或资源。从最初学习AutoDock到现在已经有4年的时间。据报道，AutoDock是引用最多的分子对接软件，今年又有了最新的版本。使用多了，就想总结一下。用了一周的时间，终于总结完了。觉得和朋友分享一下就更好了。不完善之处还希望大家能给出意见！AutoDock在2.0以前使用的是模拟退火算法（Simulated Annealing Algorithm），在其后的版本中改为了拉马克遗传算法(Lamarckian Genetic Algorithm,LGA)。Autodock和Dock一样，都是基于格点（grid）的计算，首先用围绕受体活性位点的氨基酸残基形成box，然后用不同类型的原子作为探针（probe）进行扫描，计算格点能量，然后对配体在box范围内进行构象搜索（conformational search），最后根据配体的不同构象(conformation),方向（orientation）和位置（position）进行评分（scoring），排序（ranking）。AutoDock虽然提供了诸如ADT(AutoDock Tools)，BDT的图形界面工具，但是我们仍然认为其是一个字符界面运行的分子对接软。由于运算速度不快，所以在字符界面下对于运算的管理更为方便，可以将长时间的运算放在后台运行。对于输入文件的准备问题，Autodock有其自带的一些程序，比如addsol等，同时ADT(AutoDock Tools)也提供了一些python脚本（路径：MGLTools/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24），可以代替这些程序来进行输入文件的处理。本手册按照以下顺序编写：??Autodock分子对接流程??AutoDock结果分析??AutoDock用于虚拟筛选??AutoDock Tools简介※※※※※※ 手册以外的话 ※※※※※※1、autodock只能对单分子文件对接(一个文件只含有一个分子），不能对多分子文件筛选，所以，对于含有多个分子的文件（比如multi_mol2以及sdf），需要将之分解为多个单分子文件。有以下方法实现：i)使用babel：??$babel -imol2 specs_p0.0.mol2 -o specs.mol2 -split??将生成specs0001.mol2,specs0002.mol2 ...ii)使用splitmol（DOCK软件包中程序，只能对mol2和pdb文件进行分解）：??$mkdir specs_p0.0??$cd specs_p0.0??$splitmol -mol2 ../specs_p0.0.mol2??将生成split00001,split00002,... 2、利用上面命令分解得到的单分子文件，外面的名称和分子内部的名称不符，可以通过编写教本批量重命名：适用于ZINC数据库中的mol2数据集：??for i in split*??do? ? mv $i $(grep ZINC $i).mol2????done提取包含ZINC所在行的字段，在ZINC数据库中，恰巧为分子的名称。最后，全部命名为ZINC××××××.mol2。3、AutoDock官方发布版本不能用于并行运算（有的课题组开发了并行版本，但并未发布）。为了提高效率，可以将几十万个分子文件分为几百个部分，每个1000个分子。将specs数据库的20万个分子文件按照1000个分子为一组（每组为一个目录），分为20个目录??$mkdir specs_0.0_01??$mv specs0.0.mol2 ../specs_0.0_01 利用通配符将前999个分子转移入新文件夹，实现分装目的。??$ls ../specs_0.0_01 | wc [-w] 查看文件个数4、在AutoDock输入文件的准备中，使用了很多外部程序，比如Sybyl(Tripos Ltd.)。小分子三维结构数据库都有在线免费的。如果想要构建自己的化合物库，可以用ChemDraw（商业）或ISIS/Draw（免费）画好后，存为二维格式（推荐用mol格式），然后用Corina等软件转化成三维结构。－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－