两种SNP 分型方法的比较及其在柚品种鉴定中的应用 - 园艺学报.PDF

园 艺 学 报 2013 ，40 （6 ）：1061 –1070 http: // www. ahs. ac. cn Acta Horticulturae Sinica E-mail: yuanyixuebao@126.com 两种 SNP 分型方法的比较及其在柚品种鉴定中 的应用 1,2 1,2 1 1 2 2 2 杨润婷 ，吴 波 ，李 翀 ，曾 培 ，曾继吾 ，钟 云 ，姜 波 ， 周碧容2 ，钟广炎2,* 1 2 （西南大学园艺园林学院，重庆 400715 ； 广东省农业科学院果树研究所，农业部热带南亚热带果树生物学与遗传 资源利用重点实验室，广州 510640 ） 摘 要：用两种常用的 SNP 分型方法，等位基因特异性 PCR 法（Allele-specific PCR ，AS-PCR ）和 高分辨率熔解曲线分析（High resolution melting analysis ，HRMA ），对 16 个柚栽培品种和 8 个柚杂种后 代材料进行了 7 个 SNP 位点的分型研究。结果表明这两种方法所得的分型结果相同，都将 24 个样本分成 了22 种基因型。值得一提的是，样本‘八朔’与‘红八朔’，‘红甘夏’与‘川野夏橙’之间在所测位点 无差别，表明其应当是同一来源的无性系变异。‘早熟真龙柚’和‘中熟真龙柚’的分型结果表明它们的 基因型不同，看来并非是起源同一基因型的不同芽变品种，也不存在亲子关系。可见，AS-PCR 和 HRMA 均适用于柚类品种的区分和鉴定。AS-PCR 法是一种准确、低成本的 SNP 分型方法，适合普通实验室使 用，惟对 PCR 反应体系要求严格。HRMA 分型法具有准确、快速、简便、分析量大的特点，但需要专门 的设备，试剂成本也高。 关键词：柚；单核苷酸多态性；等位基因特异性 PCR ；高分辨率熔解曲线分析；基因分型 中图分类号：S 666 文献标志码：A 文章编号：0513-353X （2013 ）06-1061-10 Comparison of Allele-specific PCR and High Resolution Melting Analysis in SNP Genotyping and Their Application in Pummelo Cultivar Identification 1,2 1,2 1 1 2 2 2 YANG Run-ting ，WU Bo ，LI Chong ，ZENG Pei ，ZENG Ji-wu ，ZHONG Yun ，JIANG Bo ， ZHOU Bi-rong2 ，and ZHONG Guang-yan2,* 1 2 （College of Horticulture and Landscape，Southwest University ，Chongqing 400715 ，China；Key Laboratory of Tropical and Subtropical Fruit Biology and Genetic Resource Utilization，Ministry of Agriculture ，Fruit Tree Institute ，Guangdong Academy of Agricultural Sciences ，Guangzhou 510640，China ） Abstract ：Allele-specific PCR （AS-PCR ）and high