新型抗菌肽分子的计算机辅助设计.PDF

华西医大学报 　2002; 33 (3) : 447～ 449　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 　　　　　　　　　　　　　 J　W C UM S 　 新型抗菌肽分子的计算机辅助设计 蔡青松　张　艳　翟朝阳 ( ) 四川大学基础与法医学院 医学分子生物学开放实验室 成都 610041 　　【内容摘要】　目的　通过计算机辅助设计, 获得具有高活性的新型抗菌肽分子序列, 为合成这类抗菌肽和通 过基因工程方法生产新型药物提供理论依据。方法　通过互联网和计算机软件比较和分析了大量有关抗菌肽的序 列和空间结构, 根据分析结果, 设计了可能具有很好抗菌活性的抗菌肽分子, 并用空间结构分析软件观察其可能的 结构, 进行三维结构的计算和预测, 与已知的抗菌肽分子进行比较。结果　分析发现抗菌肽一般在肽分子的两头分 别形成螺旋, 螺旋趋势强弱与抗菌肽的活性呈一定的正相关。根据这些资料和分析结果, 设计了一些抗菌肽序列。 其中一个序列为: GWL R K IGKR IKR IGQ YFSDAAL EVL GVA 。经一级结构分析和空间构象分析显示, 这一设计的 抗菌肽分子可能具有较强的抗菌活性。结论　随着各种数据库和分子生物学软件的完善和丰富, 充分利用它们进 行新分子的设计成为可能。 【关键词】　抗菌肽　计算机辅助结构模拟 【中图分类号】　 978 R - D esign of a Ser ies of New An tibacter ial PeptideM olecules Based on Com puter Structure function Analysis Sof tware Ca i Q ings ong , Zha ng Ya n , Zha i Cha oya ng. 　L aboratory of M ed ical M olecu lar B iology , W est Ch ina S chool of P reclinic and F orensic M ed icine , S ichuan U niversity , Chengdu 610041, Ch ina 【 】　 　 . Abstract Objective T h is is a study fo r the developm ent of mo re active and stable antibacterial pep tides 　 M ethods A fter analyzing and comparing m any sequence and structures of antibacterial pep tides by bio info rm ative p rogram , the p resent autho rs have designed som e new sequences of antibacterial pep tides that are h igh ly active and . 　 ; , stable Results Som e antibacterial pep tides sequences have tw o alpha helical structures one is po sitive charge