树比较可视化文献综述.pdfVIP

, , Abstract— ; ; Index Terms— 1 1.1 信息可视化是一个跨学科的领域，它将数据信息和知识转化 树可视化方法根据节点关系的表现形式主要分为四类：缩进 为视觉形式来表达，能够充分发掘人的视觉感官和认知方面的 形式、点线链接形式、邻接形式和空间填充式。 优势，从而帮助理解和发现大规模的复杂数据中隐藏的规律和特 在使用缩进的形式表示树结构时，如图1-a ，儿子节点比其 征，它为人们提供了一种快速的进行信息传递和知识发现的方式 父节点有多一级的缩进而同一级的节点具有相同数量的缩进。缩 和手段。 进形式的树可视化方法常应用在文件浏览器中，使用缩进来表现 树是对现实事物关系的一种抽象，树所代表的层次数据在生 文件的目录结构，用户使用折叠和展开操作可以快速的对文件结 活和工作中极其常见，比如生物进化树，系统树图，文件组织结 构进行浏览并定位文件的位置。缩进形式的缺点在于可扩展性不 构，公司人员管理关系、家谱图等等。树（层次数据）可视化是 高，文件的目录较多时一次只能显示一部分，给文件的定位带来 信息可视化中的一个重要分类，广泛应用在生活生产以及不同领 困难，所以在实际的应用中一般会提供文件的搜索功能。 域的科学研究中。 点线链接形式是最基本的树的表示形式，它是用连线表示树 节点的父子关系的一种可视化手段，如图1-b 。在点线链接形式 比较是可视分析中的一个重要的任务，它不是一个单一的任 中，每个点表示一个实体对象，实体对象之间的关系用他们之间 务，相反的，它需要用户在一组相关对象上进行一系列操作从而 的连线表示。点线链接的形式的优点在于它能够清晰的表现数据 完成一组任务，比如寻找相似，差异分析等等 [19] 。而在树可视 的层次结构，但是当数据量增大时，节点数量随随深度的增加成 化中，由于其的独特结构特点，树比较的重要性也不言而喻。树 呈指数级增长，接近根节点的位置节点较少而远离根节点的位置 比较可视化在各个领域都有比较广泛的应用。在生物信息学中， 节点较多，使得空间利用率不高的同时空间分配不均匀，远离根 对一组生物物种的基因序列或蛋白质序列分析可以产生这组生 物的系统发生树（Phylogeny Tree ）或分类树，依据的生物特点 节点的地方位置容易形成聚集。气泡图 [5, 25] 采用的方式是将 父节点放在一个圆形的中间，其子节点环绕在其周围，递归采用 不同或选择的算法不同，生成的树结构也不同，用树比较的可视 相同的方式布局子节点直到叶子节点。气泡图在一定程度上提高 化方法对这些树结构进行差异比较，可以帮助生物学家得到一个 了空间利用率。其他还有放射布局、双曲线布局以及雷达布局等 比较合理的系统发生树或分类树。文章[39, 2, 44, 35, 42, 41, 46] 方式都通过改变子树延伸的方向来弥补普通从上到下或从左到 等都是生物学领域的树比较可视化方法研究。在软件分析以及源 右布局空间利用率低的缺点。 代码分析中，包结构以及代码的语法树都是树形结构，将树比较 的方法用于不同版本的代码比